Question

我刚刚更新了所有软件包并重新启动了系统。然后，我加载了RStudio，然后开始正常运行脚本。

我收到一个错误：Error in wday(temp_date) : could not find function "wday"

搜索时，我发现wday函数是lubricate软件包的一部分，并且我已安装lubricate软件包，但未加载。

因此，似乎我以前至少有一个更新的软件包依赖于lubricate软件包，但现在不再依赖于此，因此即使我的脚本加载了与以前相同的所有软件包，也错过了润滑软件包。

因此，为了防止将来发生这种情况，我想知道如何从脚本中找出加载了润滑软件包的内容，并在可能的情况下知道更改的内容。我还想知道我所有的包依赖关系，所以我一直都知道该包会加载该包和其他包，所以我再也不会感到惊讶了。

更新：我发现了更多的错误，并慢慢发现许多软件包和依赖项实际上并未更新，必须手动安装。我发现我正在使用的wday来自data.table的IDateTime。但是我又一次没有直接加载这些软件包，所以我怎么才能知道实际加载了什么。谢谢。

更新2： 这是我完整的图书馆电话清单：

library(qmao);library(chron);library(tseries);library(iterators);library(erer);
library(corpcor); library(zoo); library(xts); library(quantmod);
library(TTR); library(graphics); library(ggplot2); library(gsee);
library(tseries); library(quantstrat); library(plyr); library(caTools);
library(zoo); library(chron); library(gtools); library(microbenchmark);
library(benchmark); library(rbenchmark); library(utils); library(Rcpp);
library(RcppXts); library(RcppArmadillo); library(gtools); library(rcppbugs);
library(RcppClassic); library(RcppStreams); library(inline); library(RcppEigen);
library(RcppParallel); library(RcppProgress); library(doParallel); library(parallel);
library(foreach); library(doMC); library(doSNOW); library(fGarch); library(FitAR);
library(fUnitRoots); library(dplyr);

它们都不包含lubricate或data.table，因此仍然不知道。我想我可以在加载每个库之前一一加载，直到函数正常工作，但是我真的没有时间或耐心。再次感谢。

Answer 1

我不是R-internal或R-Core的人，所以部分原因是我的猜测和理解。

如果一个包从另一个包（一个接一个或整个另一个包）导入功能，则这些功能不应插入到您的搜索路径中。例如，dplyr是一个相当复杂的软件包，它从其他几个软件包中导入并有选择地重新导出其中的一些。例如，从其NAMESPACE：

importFrom(R6,R6Class)

但是如果您library(dplyr)然后输入R6Class，它将报告Error: object 'R6Class' not found。但是，它对dplyr函数是可见的：

> R6Class
Error: object 'R6Class' not found
> debug(dplyr::mutate)
> mutate(mtcars, cyl = 5)
debugging in: mutate(mtcars, cyl = 5)
debug: {
    UseMethod("mutate")
}
Browse[2]> R6Class
function (classname = NULL, public = list(), private = NULL, 
    active = NULL, inherit = NULL, lock_objects = TRUE, class = TRUE, 
    portable = TRUE, lock_class = FALSE, cloneable = TRUE, parent_env = parent.frame(), 
    lock) 
{
...

这之所以现在有效，是因为dplyr::mutate中的搜索路径是从dplyr的角度出发，而不是从用户的角度出发。

对此表示怀疑（尽管不确定），这些包将调用library(data.table)，将包导入到您搜索路径中。

很有可能是您刚刚列出的一个软件包（我想是第二代依赖项导入）导入的一个软件包本身不正确地引用了wday，并且在以下情况下才开始工作适当地加载了一些更高的软件包，将该函数带入了有效的搜索路径。

我建议两种查找问题所在的方法：

看到错误时，运行traceback()并查看函数调用堆栈；需要花一些时间，但是要找到调用wday的位置，在包中找到该函数（导出函数和内部函数！），然后从那里开始。

如果所有软件包都在彻底声明它们导入的软件包（通过Depends:，Imports:甚至是滥用的Suggests:），那么您可以查找嵌套的依赖项与类似的内容一起存在。

pkgs <- trimws(unlist(strsplit(gsub("library\\(([^)]*)\\)", "\\1", "library(qmao);library(chron);library(tseries);library(iterators);library(erer);
library(corpcor); library(zoo); library(xts); library(quantmod);
library(TTR); library(graphics); library(ggplot2); library(gsee);
library(tseries); library(quantstrat); library(plyr); library(caTools);
library(zoo); library(chron); library(gtools); library(microbenchmark);
library(benchmark); library(rbenchmark); library(utils); library(Rcpp);
library(RcppXts); library(RcppArmadillo); library(gtools); library(rcppbugs);
library(RcppClassic); library(RcppStreams); library(inline); library(RcppEigen);
library(RcppParallel); library(RcppProgress); library(doParallel); library(parallel);
library(foreach); library(doMC); library(doSNOW); library(fGarch); library(FitAR);
library(fUnitRoots); library(dplyr);"), ";")))
# just so I can search locally on mine without all of those packages
inst_pkgs <- installed.packages()
pkgs <- intersect(pkgs, inst_pkgs[,1])

# inexact but "good enough" for now
possibles <- Filter(function(a) any(grepl("data.table|lubridate", a)),
                    sapply(pkgs, function(p) unlist(packageDescription(p)[c("Depends","Imports","Suggests")])))
names(possibles)
# [1] "dplyr"

您可以通过查看该软件包的完整详细信息找到更多信息：

possibles[[1]]["Suggests"]
#                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         Suggests 
# "bit64 (>= 0.9.7), callr (>= 3.1.1), covr (>= 3.0.1), DBI (>=\n0.7.14), dbplyr (>= 1.2.0), dtplyr (>= 0.0.2), ggplot2 (>=\n2.2.1), hms (>= 0.4.1), knitr (>= 1.19), Lahman (>= 3.0-1),\nlubridate (>= 1.7.4), MASS, mgcv (>= 1.8.23), microbenchmark\n(>= 1.4.4), nycflights13 (>= 0.2.2), rmarkdown (>= 1.8), RMySQL\n(>= 0.10.13), RPostgreSQL (>= 0.6.2), RSQLite (>= 2.0),\ntestthat (>= 2.0.0), withr (>= 2.1.1), broom (>= 0.5.1), purrr\n(>= 0.3.0), readr (>= 1.3.1), crayon (>= 1.3.4)"

如何查找如何在R中加载程序包？

1 个答案: