Question

解析出.XML文件的标记会提供其他超链接。

我正在尝试读取.mzXML文件的数据，该文件的构建类似于常见的.XML文件。打印出标签为我提供了“标题”之外的其他分类超链接。

我的mzXML文件：

<?xml version="1.0" encoding="ISO-8859-1"?>
<mzXML xmlns="http://sashimi.sourceforge.net/schema_revision/mzXML_2.1" xmlns:xsi="http://www.w3.org/2001/XMLSchema-instance" xsi:schemaLocation="http://sashimi.sourceforge.net/schema_revision/mzXML_2.1 http://sashimi.sourceforge.net/schema_revision/mzXML_2.1/mzXML_idx_2.1.xsd">
<msRun scanCount="1">

我的python代码：

import xml.etree.cElementTree as ET

tree = ET.parse('data.mzXML')
root = tree.getroot()

print(root[0].tag)

预期输出是

msRun

实际输出是

{http://sashimi.sourceforge.net/schema_revision/mzXML_2.1}msRun

Answer 1

我认为您可以以“非规范”方式解决此问题。我试图对您的代码进行一些改动（我建议您学习和使用lxml，它比xml的标准python库更强大，并且如果您要使用较大的嵌套文件，则应该考虑使用）：< / p>

from lxml import etree as ET

tree = ET.parse('data.mzXML')
root = tree.getroot()

print(root[0])

结果是

<Element {http://sashimi.sourceforge.net/schema_revision/mzXML_2.1}msRun at 0x7ff99afa9e88>

因此，文件的完整标签符合预期，为{http://sashimi.sourceforge.net/schema_revision/mzXML_2.1}msRun。如果在数据集中重申了此问题，则可以使用以下代码：

from lxml import etree as ET

tree = ET.parse('data.mzXML')
root = tree.getroot()
tag = root[0].tag.split('}')

print(tag[1])

您的输出将达到预期。这是一个非常具体的解决方案，但是如果所有数据集都受到此问题的影响，则可能是一个解决方案。

ElementTree XML-Parser，附加超链接写入标签

1 个答案: