为特定数据组织构建堆叠的条形图

Question

我想构建堆积的条形图，其中x轴表示基因组（或仅是生物体）的数量，y轴表示基因簇的数量，它们出现在确切的基因组数量中。据我所知，这些基因来自哪个生物，我希望每个条形图都能显示出每个基因组对建立这个条形图的影响。

我的数据示例：

df = data.frame (genomes_involed = c(1,2,2,3,3,1), number_of_genes = c(1,3,2,3,4,2), genome1_genes = c("A","B","*", "B", "A,M","*"), genome2_genes = c("*","C,B","E", "D", "N", "*"), genome3_genes = c("*","*", "L", "H", "O", "P,A"))

位置：

行是基因簇；

1）第一栏显示每个基因簇中涉及的基因组数量；

2）第二列代表簇中基因的数量；

3）第3-5栏代表来自不同基因组的基因的具体名称；

“ *”表明该基因组的簇中没有基因。

它或多或少具有特定的组织，这就是为什么我不确定如何正确使用它的原因，例如在以下ggplot函数中：

ggplot(df, aes(x = factor(Time), y = Value, fill = factor(Type))) + geom_bar(stat="identity", position = "stack")

结果，我想在x轴上获得3条，代表1，2个或全部3个基因组的数量； y轴代表在1个，2个或所有3个基因组中发现的簇数；并显示每个基因组对构建每个混凝土钢筋的影响。

Desired output for this sample is here

Answer 1

我有点困惑，但是我想你是说有多种生物，每种生物都有1、2或3个基因组。你想要在x轴上有三个条形-一个代表基因组1，一个对于基因组2，一个对于基因组3-堆栈将显示多少个具有基因组1的生物具有1个基因簇，多少个2基因簇，以及多少个具有3个基因簇（对于其他每个基因组，依此类推）？

df = data.frame (genomes_envolved = c(1,2,2,3,3,1), number_of_genes = c(1,3,2,3,3,2), genome1_genes = c("A","B","*", "B", "A,M","*"), genome2_genes = c("*","C,B","E", "D", "N", "*"), genome3_genes = c("*","*", "L", "H", "O", "P"))

df[df=="*"]<-NA #I changed asterisk to NA
df$genomes_envolved<-as.factor(df$genomes_envolved)
df$number_of_genes<-as.factor(df$number_of_genes)

ggplot(data = df, aes(x = genomes_envolved,fill=number_of_genes)) + geom_bar()