Question

我有一个3列的data.frame，看起来像这样：

       var1    var2   corr
1   OTU0001 OTU0004  0.882
2   OTU0001 OTU0014  0.656
3   OTU0004 OTU0014  0.456
4   OTU0001 OTU0015  0.690
5   OTU0004 OTU0015  0.612
6   OTU0014 OTU0015  0.565
7   OTU0001 OTU0016  0.652
8   OTU0004 OTU0016  0.630
9   OTU0014 OTU0016  0.465
10  OTU0015 OTU0016  0.884
11  OTU0001 OTU0017  0.766

例如，我想提取与出现“ OTU0016”匹配的行。我应该得到

7   OTU0001 OTU0016  0.652
8   OTU0004 OTU0016  0.630
9   OTU0014 OTU0016  0.465
10  OTU0015 OTU0016  0.884

我尝试了grep("^OTU0016$",Df)，但只返回了integer(0)

Answer 1

对于所有列，您都可以使用：

Df[rowSums(Df == "OTU0016") > 0,]

对于您的两列：

Df[rowSums(Df[c("var1", "var2") == "OTU0016") > 0,]

或

Df[Df$var1 == "OTU0016" | Df$var2 == "OTU0016",]

Answer 2

使用dplyr，您可以执行以下操作：

df %>%
 filter_at(vars(starts_with("var")), any_vars(. == "OTU0016"))

     var1    var2  corr
1 OTU0001 OTU0016 0.652
2 OTU0004 OTU0016 0.630
3 OTU0014 OTU0016 0.465
4 OTU0015 OTU0016 0.884

或使用base R：

df[apply(df[, 1:2], 1, function(x) any(grepl("OTU0016", x, fixed = TRUE))), ]

      var1    var2  corr
7  OTU0001 OTU0016 0.652
8  OTU0004 OTU0016 0.630
9  OTU0014 OTU0016 0.465
10 OTU0015 OTU0016 0.884

或者：

df[apply(df[, -grepl("corr", names(df), fixed = TRUE)], 1, function(x) any(grepl("OTU0016", x, fixed = TRUE))), ]

或者：

df[apply(df[, -grepl("corr", names(df), fixed = TRUE)], 1, function(x) any(match(x, "OTU0016", nomatch = 0))), ]

如何提取与事件匹配的数据帧的行？

2 个答案: