将hdf5转换为在文件夹中组织的原始文件

时间:2019-05-16 14:51:21

标签: python hdf5

我使用脚本使图像与图集匹配。此脚本输入是.raw个图像,这些图像组织在以下文件夹中:

imageFolder
-- folder1
---- image1.raw
---- image2.raw
-- folder2
---- image1.raw
---- image2.raw

我在hdf5中有一张图片,我想将其转换为如前所述的多个文件。这个组织看起来像hdf5,不是吗?

我想知道是否可以在Python中执行此操作。如果是,我应该使用哪个包装? 我查看了h5py,但没有找到导出到raw并保留层次结构的函数。

1 个答案:

答案 0 :(得分:0)

首先,您可以使用.visititems()递归调用一个函数(def)导出数据。您可以查询对象类型和名称。组名将是您的文件夹名,数据集名将是您的文件名。附件是一个非常简单的示例,显示了如何使用.visititems()。如果您不熟悉h5py和/或HDF5结构,则它具有一些打印语句(注释掉),可输出更多信息。这应该可以帮助您入门。

import h5py

def print_grp_name(grp_name, object):

#  print ('object = ' , object)
#  print ('Group =', object.name)

  try:
    n_subgroups = len(object.keys())
    #print ('Object is a Group')
  except:
    n_subgroups = 0
    #print ('Object is a Dataset')
    dataset_list.append (object.name)

#  print ('# of subgroups = ', n_subgroups )

if __name__ ==  '__main__' :  
    with h5py.File(your-filename-here,'r') as h5f:

        print ('visting group = ', h5f)
        dataset_list = []
        h5f.visititems(print_grp_name)

    print (dataset_list)