在Linux下编译程序时，出现scalapack链接错误。如何解决这个问题？

时间：2019-05-16 03:57:10

标签： scalapack

c ++和Fortran程序使用Intel Math Kernel Library和openmpi。在Linux下编译程序时，出现scalapack链接错误。如何解决这个问题？

程序需要链接到基于Intel Fortran和C的Intel Math Kernel Library和MPI的Open-MPI版本

！------------------------------------------------ -------------------------------------------------- -----------------------------------     子程序mpi_worker_ScaLapackMM（） ！------------------------------------------------- -------------------------------------------------- --------------------------------

！ ！矩阵矩阵乘法 ！ 

integer :: i, istat, numroc, info, ictxt
integer :: myid, ierr, nprocs 

integer   :: mycol, myrow, nb
integer   :: npcol, nprow
integer,parameter :: descriptor_len=9


integer   :: l_nrows_wj,l_ncols_wj    
integer   :: l_nrows_wjtwj,l_ncols_wjtwj

integer   :: desc_wj( descriptor_len ),desc_wjg( descriptor_len )
integer   :: desc_wjtwj( descriptor_len )
integer   :: desc_wjtwjg( descriptor_len )

integer   :: rootNodeContext, sizeM, sizeN

real(RealPrec), dimension(:,:),allocatable :: wj_loc,wjtwj_loc

！ ！我是哪个处理器，还有几个？ ！     调用blacs_pinfo（myid，nprocs）

！ ！向所有处理器广播矩阵的大小： ！     如果（myid == 0）sizeM = size（wj，dim = 1）     如果（myid == 0）sizeN = size（wj，dim = 2）     呼叫mpi_bcast（sizeM，1，MPI_INTEGER，0，MPI_COMM_WORLD，ierr）     呼叫mpi_bcast（sizeN，1，MPI_INTEGER，0，MPI_COMM_WORLD，ierr）

！
！设置2d处理器网格的尺寸： ！     调用gridsetup（nprocs，nprow，npcol）     ！小型处理器网格，简短的胖矩阵调整：     ！这适用于某些CPU（例如Triton），其中pdsyrk停滞在脂肪矩阵和小网格上     如果（（nprocs <= 16）和（sizeN / sizeM> 2））然后         nprow = 1         npcol = nprocs     结束

！ ！初始化单个blacs上下文： ！     致电blacs_get（-1,0，ictxt）     调用blacs_gridinit（ictxt，'r'，nprow，npcol）     致电blacs_gridinfo（ictxt，nprow，npcol，myrow，mycol）

！
！计算矩阵的阻塞因子： ！     调用blockset（nb，64，sizeM，sizeN，nprow，npcol）

！
！分布式矩阵：获取编号。本地行/列。创建说明： ！     l_nrows_wj = numroc（sizeM，nb，myrow，0，nprow）     l_ncols_wj = numroc（sizeN，nb，mycol，0，npcol）     呼叫descinit（desc_wj，sizeM，sizeN，nb，nb，0，0，ictxt，l_nrows_wj，info）

l_nrows_wjtwj = numroc(sizeN,nb,myrow,0,nprow)
l_ncols_wjtwj = numroc(sizeN,nb,mycol,0,npcol)
call descinit( desc_wjtwj, sizeN, sizeN, nb, nb, 0, 0, ictxt, l_nrows_wjtwj, info ) 

allocate (wj_loc(l_nrows_wj, l_ncols_wj ), stat=istat)
if (istat /= 0) then
    write(*,*) 'Error allocating wj_loc! l_nrows_wj,l_ncols_wj =',l_nrows_wj,l_ncols_wj
    stop
endif

allocate (wjtwj_loc(l_nrows_wjtwj, l_ncols_wjtwj ), stat=istat) 
if (istat /= 0) then
    write(*,*) 'Error allocating wjtwj_loc! l_nrows_wjtwj,l_ncols_wjtwj =',l_nrows_wjtwj, l_ncols_wjtwj
    stop
endif

！ ！将全局wj的子块从主对象分配到所有过程： ！     调用blacs_get（-1，0，rootNodeContext）     调用blacs_gridinit（rootNodeContext，'row-major'，1，1）

 if (myid == 0) then
    call descinit( desc_wjg, sizeM, sizeN, sizeM, sizeN, 0, 0, rootNodeContext, sizeM, info )
    call descinit( desc_wjtwjg, sizeN, sizeN, sizeN, sizeN, 0, 0, rootNodeContext, sizeN, info )
else 
    desc_wjg        = 0
    desc_wjg(2)     = -1
    desc_wjtwjg     = 0
    desc_wjtwjg(2)  = -1
endif

call pdgemr2d( sizeM, sizeN, wj, 1, 1, desc_wjg, wj_loc, 1, 1, desc_wj, desc_wj( 2 ) )

！ ！并行矩阵相乘： ！
    调用pdsyrk（'u'，'t'，sizeN，sizeM，1d0，wj_loc，1,1，desc_wj，0d0，wjtwj_loc，1,1，desc_wjtwj）

！ ！将wjtwj_loc中的解决方案发送回矩阵wjtwj： ！

call pdgemr2d( sizeN, sizeN, wjtwj_loc, 1, 1, desc_wjtwj, wjtwj, 1, 1, desc_wjtwjg, ictxt )
if (myid == 0) then  
    ! fill in lower triangle
    do i=2,sizeN
        wjtwj(i,1:i-1) = wjtwj(1:i-1,i)
    enddo    
endif
if (myid == 0)  call blacs_gridexit( rootNodeContext )

！ ！取消分配本地数组... ！     如果（已分配（wj_loc））取消分配（wj_loc）     如果（已分配（wjtwj_loc））取消分配（wjtwj_loc）

！ ！关闭双语法例咨询委员会： ！
    致电blacs_gridexit（ictxt）

end subroutine mpi_worker_ScaLapackMM

！------------------------------------------------ -------------------------------------------------- -----------------------------------     子程序mpi_worker_ScaLapackMS（istat） ！------------------------------------------------- -------------------------------------------------- -------------------------------- ！ ！矩阵分解和求解 ！
！这是从mare2dem_mpi.f90中的solveLinearSystem_scalapack（）调用的 ！

integer :: numroc, info,ictxt
integer :: myid, ierr, nprocs, istat

integer   :: mycol, myrow, nb
integer   :: npcol, nprow
integer,parameter :: descriptor_len=9

integer   :: l_nrows_amat,l_ncols_amat    
integer   :: l_nrows_pm_test,l_ncols_pm_test

integer   :: desc_amat( descriptor_len )
integer   :: desc_pm_test( descriptor_len )
integer   :: desc_amatg( descriptor_len )
integer   :: desc_pm_testg( descriptor_len )    

integer   ::  rootNodeContext,   sizeN

real(RealPrec), dimension(:,:),allocatable :: amat_loc
real(RealPrec), dimension(:,:)  ,allocatable :: pm_test_loc

！ ！我是哪个处理器，还有几个？ ！     调用blacs_pinfo（myid，nprocs）

！ ！向所有节点广播矩阵N x N大小： ！     如果（myid == 0）sizeN = size（amat，dim = 1）     呼叫mpi_bcast（sizeN，1，MPI_INTEGER，0，MPI_COMM_WORLD，ierr）

！
！设置2d处理器网格的尺寸： ！     调用gridsetup（nprocs，nprow，npcol）

！ ！初始化单个blacs上下文： ！     致电blacs_get（-1,0，ictxt）     调用blacs_gridinit（ictxt，'r'，nprow，npcol）     致电blacs_gridinfo（ictxt，nprow，npcol，myrow，mycol）

！
！计算矩阵的阻塞因子： ！     调用blockset（nb，64，sizeN，sizeN，nprow，npcol）！

！
！分布式矩阵：获取编号。本地行/列。创建说明： ！     l_nrows_amat = numroc（sizeN，nb，myrow，0，nprow）     l_ncols_amat = numroc（sizeN，nb，mycol，0，npcol）     呼叫descinit（desc_amat，sizeN，sizeN，nb，nb，0，0，ictxt，l_nrows_amat，info）

l_nrows_pm_test = numroc(sizeN,nb,myrow,0,nprow)
l_ncols_pm_test = 1  
call descinit( desc_pm_test, sizeN, 1, nb, 1, 0, 0, ictxt, l_nrows_pm_test, info )  

allocate (amat_loc(l_nrows_amat, l_ncols_amat ), stat=istat)
if (istat /= 0) then
    write(*,*) 'Error allocating amat_loc! l_nrows_amat,l_ncols_amat =',l_nrows_amat,l_ncols_amat
    stop
endif 

allocate (pm_test_loc(l_nrows_pm_test, l_ncols_pm_test ), stat=istat) 
if (istat /= 0) then
    write(*,*) 'Error allocating pm_test_loc! l_nrows_pm_test,l_ncols_pm_test =',l_nrows_pm_test,l_ncols_pm_test
    stop
endif

！ ！将master的全局amat和pm_test子块分配给所有进程： ！     调用blacs_get（-1，0，rootNodeContext）     调用blacs_gridinit（rootNodeContext，'row-major'，1，1）     如果（myid == 0）然后         调用descinit（desc_amatg，sizeN，sizeN，sizeN，sizeN，0，0，rootNodeContext，sizeN，info）         调用descinit（desc_pm_testg，sizeN，1，sizeN，1，0，0，rootNodeContext，sizeN，info）     其他         desc_amatg = 0         desc_amatg（2）= -1         desc_pm_testg = 0         desc_pm_testg（2）= -1     结束

call pdgemr2d( sizeN, sizeN, amat, 1, 1, desc_amatg, amat_loc, 1, 1, desc_amat, desc_amat( 2 ) )

call pdgemr2d( sizeN, 1, pm_test, 1, 1, desc_pm_testg, pm_test_loc, 1, 1, desc_pm_test, desc_pm_test( 2 ) )

！ ！并行矩阵求解器： ！     调用pdpotrf（'u'，sizeN，amat_loc，1，1，desc_amat，info）     如果（info / = 0）然后         write（，）'调用pdpotrf出错！资讯：'，info         停     endif 

call pdpotrs( 'u',  sizeN, 1, amat_loc, 1, 1, desc_amat, pm_test_loc, 1, 1, desc_pm_test,  info )
if (info /= 0) then
    write(*,*) 'Error calling pdpotrs! info: ',info
    stop
endif

！ ！将向量中的解决方案发送回主机： ！
    致电pdgemr2d（sizeN，1，pm_test_loc，1，1，desc_pm_test，pm_test，1，1，desc_pm_testg，ictxt）

if (myid == 0) call blacs_gridexit( rootNodeContext )

！ ！取消分配本地数组... ！     如果（已分配（amat_loc））取消分配（amat_loc）     如果（已分配（pm_test_loc））取消分配（pm_test_loc）

！ ！关闭双语法例咨询委员会： ！
    致电blacs_gridexit（ictxt）

end subroutine mpi_worker_ScaLapackMS

endif

make显示的编译结果：

mpif90 -O2 -fpp -m64 kdtree2.o fem2D_utilities.o binaryTree.o call_triangle.o sort.o c_fortran_zgssv.o superlu_zsolver.o umf4_f77zwrapper.o umfpack_zsolver.o string_helpers.o em.o mt.2 mt1 .o Occam.o c_fortran_triangle.o FilterModules.o mare2dem_common.o spline_kx_module.o mare2dem_worker.o mare2dem_io.o mare2dem_mpi.o EM2D.o RunMARE2DEM.o ./libraries/SuperPar_4.0/Sulu/Site/SuperLU_4.0/Sulib /UMFPACK/Lib/libumfpack.a ./libraries/SuiteSparse/AMD/Lib/libamd.a ./libraries/SuiteSparse/CHOLMOD/Lib/libcholmod.a ./libraries/SuiteSparse/COLAMD/Lib/libcolamd.a ./libraries /SuiteSparse/CAMD/Lib/libcamd.a ./libraries/SuiteSparse/CCOLAMD/Lib/libccolamd.a ./libraries/metis-4.0/libmetis.a ./libraries/scalapack-2.0.2/libscalapack.a \         -L / home / users / nqiu / intel / mkl / lib / intel64 / -lmkl_intel_lp64 -lmkl_intel_thread -lmkl_core -liomp5 -lpthread -o MARE2DEM Occam.o：在函数occam_mp_mpi_worker_scalapackmm_': Occam.f90:(.text+0x1278a): undefined reference to numroc_中 Occam.f90 :(。text + 0x127a9）：对numroc_' Occam.f90:(.text+0x127e1): undefined reference to descinit_'的未定义引用 Occam.f90 :(。text + 0x12801）：对numroc_' Occam.f90:(.text+0x12820): undefined reference to numroc_'的未定义引用 Occam.f90 ：(。text + 0x12857）：对descinit_' Occam.f90:(.text+0x12c37): undefined reference to pdgemr2d_'的未定义引用 Occam.f90 :(。text + 0x12c88）：对pdsyrk_' Occam.f90:(.text+0x12cd4): undefined reference to pdgemr2d_'的未定义引用 Occam.f90 :(。text + 0x13127）：对descinit_' Occam.f90:(.text+0x1315d): undefined reference to descinit_'的未定义引用 Occam.o：在函数occam_mp_mpi_worker_scalapackms_': Occam.f90:(.text+0x134dd): undefined reference to numroc_中 Occam.f90 :(。text + 0x13510）：对numroc_' Occam.f90:(.text+0x1355b): undefined reference to descinit_'的未定义引用 Occam.f90 :(。text + 0x1358b）：对numroc_' Occam.f90:(.text+0x135da): undefined reference to descinit_'的未定义引用 Occam.f90 :(。text + 0x139e2）：对pdgemr2d_' Occam.f90:(.text+0x13a2f): undefined reference to pdgemr2d_'的未定义引用 Occam.f90 :(。text + 0x13a61）：对pdpotrf_' Occam.f90:(.text+0x13ada): undefined reference to pdpotrs_'的未定义引用 Occam.f90 :(。text + 0x13b41）：未定义对pdgemr2d_' Occam.f90:(.text+0x13f4e): undefined reference to descinit_'的引用 Occam.f90 :(。text + 0x13f8b）：未定义对`descinit_'的引用

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