Question

我正在使用django网络应用程序，当我安装openbabel并尝试导入pybel时出现错误

我使用的venv在执行所有这些命令时均已激活

我这样安装openbabel：

sudo apt-get install python-openbabel

我也尝试过：

sudo apt-get install openbabel libopenbabel-dev swig

然后我做了：

pip install openbabel

在那之后，我尝试导入pybel（在导入openbabel之后）

这是实际结果：

>>> import pybel
Traceback (most recent call last):
  File "<stdin>", line 1, in <module>
  File "/home/etudiant/QuChemPedIA/QuChemPedIAProject/venv/lib/python3.5/site-packages/pybel.py", line 94, in <module>
    descs = _getpluginnames("descriptors")
  File "/home/etudiant/QuChemPedIA/QuChemPedIAProject/venv/lib/python3.5/site-packages/pybel.py", line 84, in _getpluginnames
    return [x.split()[0] for x in plugins]
  File "/home/etudiant/QuChemPedIA/QuChemPedIAProject/venv/lib/python3.5/site-packages/pybel.py", line 84, in <listcomp>
    return [x.split()[0] for x in plugins]
IndexError: list index out of range

请帮忙吗？

Answer 1

正如@Manu mathew所说，this is a bug，但不在Python的openbabel包中，而是在它包装的openbabel C库中（由apt包openbabel提供））。

该错误已在版本openbabel/2.3.2+dfsg-3中修复，该错误适用于您的Ubuntu Xenial（根据您的Python版本判断）is not available。

因此您需要升级发行版。该修复程序可用since Bionic进行，但是为了获得最佳效果，请升级到最新的发行版（有关说明，请参见下文）。

除此之外，

安装python-openbabel apt软件包毫无用处，因为it's for Python 2。 Python 3的软件包将称为“ python3-openbabel”，但称为there's no such package。因此，您必须从PyPI安装绑定。
通过apt-get全局安装Python软件包，并通过pip将python软件包安装到venv是多余的。
- _{如果使用的是旧发行版，则当您将PyPI中的新绑定程序包链接到系统上的旧C库时，也很容易造成损坏。如果绑定程序包是根据您的本地库构建的，则可能是要支持此版本，但谁知道此组合已测试了多少。}
因此，通常，apt-get版本的Python软件包应封装一个本地C库（如果有一个if you are using the system Python可用）。通过使用--system-site-packages创建，可以在venv中使全局安装的软件包可用。

但是由于在这种情况下，没有apt-get版本的绑定可用，因此您必须从PyPI安装绑定。在这种情况下，最好具有与绑定版本相对应的C库版本（即可能是最新版本），因为显然已经对该组合进行了广泛的测试。

“导入pybel”上的“ IndexError：列表索引超出范围”

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