如何修复“模型不包含SBML fbc软件包信息”。

Question

我正在尝试使用SBML软件包模拟一些模型。模型似乎运行良好，但我不断收到这些警告。 “模型不包含SBML fbc软件包信息。 cobrapy不支持SBML包“布局”，未解析信息 cobrapy不支持SBML包“ render”，信息未解析”

Answer 1

您看到的只是警告，您没有使用SBML fbc软件包对基于约束的模型信息进行编码。所有信息（例如通量边界和目标函数）很可能都在您的模型中，但使用的是旧格式（例如COBRA格式）。 使用fbc将模型更新为SBML L3的一种可能方法是使用cobrapy导入和导出，即

from cobra.io import read_sbml_model, write_sbml_model
model = read_sbml_model(input_path)
write_sbml_model(model, output_path)

导出使用最新版本的fbc。

关于软件包的警告仅表示相应信息未在cobrapy中使用，即当前在cobrapy的上下文中既未解析布局也不渲染信息。

StackOverflow并不是与眼镜蛇相关问题的最佳论坛。的最佳张贴问题 https://github.com/opencobra/cobrapy/issues 还有上面的问题 https://groups.google.com/forum/#!forum/cobra-pie

免责声明：我是Cobrapy SBML解析器的作者。