我有这个树种ape
phylo
树对象:
species.phylo <- ape::read.tree(text="(Platypus:0.13,((((Koala:0.06,Wallaby:0.06):0.013,Tasmanaian_devil:0.067):0.002,Opposum:0.07):0.042,((Armadillo:0.078,Sloth:0.078):0.028,(((Rabbit:0.1,(((Guinea_pig:0.07,Chinchilla:0.07):0.005,(Naked_mole-rat:0.06,Damarland_mole-rat:0.058):0.02):0.03,(Jerboa:0.09,(Blind_mole-rat:0.09,((((Chinese_hamster:0.05,Golden_hamster:0.05):0.016,Deer_mouse:0.064):0.003,Prairie_vole:0.07):0.01,(Rat:0.063,Mouse:0.061):0.017):0.012):0.01):0.007):0.004):0.001,(Mouse_lemur:0.08,(Tarsier:0.08,((Marmoset:0.03,Mas_night_monkey:0.025):0.023,((((((Bonobo:0.003,Chimpanzee:0.002):0.0043,Human:0.0067):0.002,Gorilla:0.0086):0.0085,Orangutan:0.017):0.0027,Gibbon:0.02):0.011,(Green_monkey:0.012,((Sooty_mangabey:0.006,Baboon:0.0067):0.001,(Macaque:0.003,Pig-tailed_macaque:0.004):0.004):0.004):0.02):0.02):0.03):0.0006):0.02):0.0001,((European_hedgehog:0.1,Common_shrew:0.11):0.00098,(Little_brown_bat:0.09,((Cat:0.065,(Dingo:0.001,Dog:0.001):0.06):0.015,((Dolphin:0.069,(Pig:0.077,((Goat:0.01,Sheep:0.01):0.017,Cow:0.027):0.05):0.0001):0.01,(Horse:0.006,Donkey:0.0067):0.076):0.004):0.0017):0.015):0.0001):0.0001):0.014):0.006);")
然后我将其转换为dendrogram
对象:
species.dend <- ape::chronopl(species.phylo,lambda=1) %>% phylogram::as.dendrogram()
然后使用R
的{{1}}进行绘图:
plotly
所以我的问题是: