旋转树状图,用R plotly plot_dendro绘制

时间:2019-05-10 06:04:25

标签: r plotly dendrogram

我有这个树种ape phylo树对象:

species.phylo <- ape::read.tree(text="(Platypus:0.13,((((Koala:0.06,Wallaby:0.06):0.013,Tasmanaian_devil:0.067):0.002,Opposum:0.07):0.042,((Armadillo:0.078,Sloth:0.078):0.028,(((Rabbit:0.1,(((Guinea_pig:0.07,Chinchilla:0.07):0.005,(Naked_mole-rat:0.06,Damarland_mole-rat:0.058):0.02):0.03,(Jerboa:0.09,(Blind_mole-rat:0.09,((((Chinese_hamster:0.05,Golden_hamster:0.05):0.016,Deer_mouse:0.064):0.003,Prairie_vole:0.07):0.01,(Rat:0.063,Mouse:0.061):0.017):0.012):0.01):0.007):0.004):0.001,(Mouse_lemur:0.08,(Tarsier:0.08,((Marmoset:0.03,Mas_night_monkey:0.025):0.023,((((((Bonobo:0.003,Chimpanzee:0.002):0.0043,Human:0.0067):0.002,Gorilla:0.0086):0.0085,Orangutan:0.017):0.0027,Gibbon:0.02):0.011,(Green_monkey:0.012,((Sooty_mangabey:0.006,Baboon:0.0067):0.001,(Macaque:0.003,Pig-tailed_macaque:0.004):0.004):0.004):0.02):0.02):0.03):0.0006):0.02):0.0001,((European_hedgehog:0.1,Common_shrew:0.11):0.00098,(Little_brown_bat:0.09,((Cat:0.065,(Dingo:0.001,Dog:0.001):0.06):0.015,((Dolphin:0.069,(Pig:0.077,((Goat:0.01,Sheep:0.01):0.017,Cow:0.027):0.05):0.0001):0.01,(Horse:0.006,Donkey:0.0067):0.076):0.004):0.0017):0.015):0.0001):0.0001):0.014):0.006);")

然后我将其转换为dendrogram对象:

species.dend <- ape::chronopl(species.phylo,lambda=1) %>% phylogram::as.dendrogram()

然后使用R的{​​{1}}进行绘图:

plotly

它的根指向右,叶子指向左,并且非常紧凑: enter image description here

所以我的问题是:

  1. 如何将其旋转180度,以使根指向左,叶子指向右?
  2. 如何伸展树枝,使树枝不会被压扁?

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