Question

我在data.frame（1000行和3列）上工作。我在第三列（对应于相关性）上使用了一个参数来选择比我的参数高或低的值。

Df<-get(load("test.RData"))

library(optparse)

args <- commandArgs(TRUE)

#get options 

option_list = list(
        make_option(c("-t", "--threshold"), type="double", default=NULL));

opt_parser= OptionParser(usage = "Usage: %prog -f [FILE]",option_list=option_list, description= "Description:")

opt = parse_args(opt_parser)

library(dplyr)

Df=Df%>%filter(corr>opt$threshold)

save(Df, file="corr.Rda")

然后，我想使用Slurm运行此代码。

test.sh

#!/bin/bash
#SBATCH -o job-%A_%a_task.out
#SBATCH --job-name=cor
#SBATCH --partition=normal
#SBATCH --time=1-00:00:00
#SBATCH --mem=1G  
#SBATCH --cpus-per-task=2


#Set up whatever package we need to run with

module load gcc/8.1.0 openblas/0.3.3 R

export FILENAME=~/test.R

Rscript $FILENAME --threshold $1

我的问题是这个：我是否需要在sbatch命令行上添加一个参数？例如，如果我运行sbatch test.sh 0.7，它将正常工作，并且相关系数> 0.7。但是，如果我不想提出任何论点，那么在获得所有相关性的目标中，我将运行sbatch test.sh，我得到

  Error in getopt(spec = spec, opt = args) : 
  flag "threshold" requires an argument

编辑：如果我运行sbatch test.sh -1，我将获得所有相关性，但是我只想知道是否可以不输入任何参数并获得所有相关性？

有什么主意吗？

Answer 1

您正在使用

Rscript $FILENAME --threshold $1

输入0.7之类的参数时，它将替换为

Rscript $FILENAME --threshold 0.7

但是当您不提供任何参数时，您将得到：

Rscript $FILENAME --threshold

并且如消息所示，--threshold需要一个参数。

您可以测试$1的存在，并仅在需要时传递--threshold参数：

threshold_args=()
if [ -n "$1" ]
then
    threshold_args+=("--threshold" "$1")
fi
Rscript $FILENAME "${threshold_args[@]}"

如何在slurm命令行中包含参数？

1 个答案: