Question

我有一个包含17个变量的df（我的样本），其条件位置是我希望基于单个基因“光系统II蛋白D1 1”绘制的条件

View(metadata)

sample location
   <chr>  <chr>   
 1 X1344  West    
 2 X1345  West    
 3 X1365  West    
 4 X1366  West    
 5 X1367  West    
 6 X1419  West    
 7 X1420  West    
 8 X1421  West    
 9 X1473  Mid     
10 X1475  Mid     
11 X1528  Mid     
12 X1584  East    
13 X1585  East    
14 X1586  East    
15 X1678  East    
16 X1679  East    
17 X1680  East

View(countdata)

func X1344 X1345 X1365 X1366 X1367 X1419 X1420 X1421 X1473 X1475 X1528 X1584 X1585 X1586 X1678 X1679 X1680

photosystem II protein D1 1 11208   6807    3483    4091    12198   7229    7404    5606    6059    7456    4007    2514    5709    2424    2346    4447    5567

countdata包含成千上万个基因，但我只显示了标头和感兴趣的基因

ddsMat已这样创建：

ddsMat <- DESeqDataSetFromMatrix(countData = countdata,
                                  colData = metadata,
                                  design = ~ location)

绘图时：

library(DeSeq2)
plotCounts(ddsMat, "photosystem II protein D1 1", intgroup=c("location"))

默认情况下，该函数按字母顺序绘制“条件”，例如：East-Mid-West。但是我想订购它们，以便可以在西-东-东图表上看到它们。

选中plotCountsIMAGEhere

有没有办法做到这一点？谢谢，

Answer 1

我发现您可以像这样手动更改顺序：

ddsMat$location <- factor(ddsMat$location, levels=c("West", "Mid", "East"))

在绘制单个基因的标准化计数时更改条件的顺序

1 个答案: