Question

我正在尝试使用 R 中的 mstate 包，为此我必须使用 strata 的 coxph 功能>命令。这是示例代码：

library(mstate)
tmat <- trans.illdeath()
tg <- data.frame(stt=rep(0,6),sts=rep(0,6), illt=c(1,1,6,6,8,9),ills=c(1,0,1,1,0,1),
             dt=c(5,1,9,7,8,12),ds=c(1,1,1,1,1,1))
tg$patid <- factor(2:7,levels=1:8,labels=as.character(1:8))
tt <- matrix(c(rep(NA,6),tg$illt,tg$dt),6,3)
st <- matrix(c(rep(NA,6),tg$ills,tg$ds),6,3)
mslong<-msprep(time=tt,status=st,trans=tmat)
models <- coxph(Surv(Tstart, Tstop, status) ~ strata(trans), data=mslong, method='breslow')

我只想在过渡= 3（即从疾病到死亡的过渡）的模型中分配补偿项，以便我可以通过更改补偿项来估算不同治疗效果的影响。现在，我可以为所有分层分配偏移项，

mslong$c1<-0
models<-coxph(Surv(Tstart, Tstop, status) ~ strata(trans)+offset(2*c1), data=mslong, method='breslow')

我的问题是我如何才能分配一个偏移项，例如，在上面的代码中，仅当transition = 3或strata = 3时，系数为2？请注意，我计划在 mstate 包中运行以下代码。我真的很感谢任何帮助。

fit <- msfit(models, trans=tmat)
pt <- probtrans(fit, predt=0)

Answer 1

从技术上讲，您可以按照以下步骤操作：

# define c1 as an indicator for transition 3
mslong$c1<-ifelse(mslong$trans == 3, 1, 0)
model <-coxph(Surv(Tstart, Tstop, status) ~ strata(trans)+offset(2*c1), data=mslong, method='breslow')

但是，从统计学上讲，这没有意义。偏移将完全被过渡3的地层基线危险所掩盖。您可以验证不管偏移如何，可能性都保持不变：

原始模型：

> coxph(Surv(Tstart, Tstop, status) ~ strata(trans), data=mslong, method='breslow')
Call:  coxph(formula = Surv(Tstart, Tstop, status) ~ strata(trans), 
    data = mslong, method = "breslow")

Null model
  log likelihood= -7.742402 
  n= 16

偏移量模型：

> coxph(Surv(Tstart, Tstop, status) ~ strata(trans)+offset(2*c1), data=mslong, method='breslow')
Call:  coxph(formula = Surv(Tstart, Tstop, status) ~ strata(trans) + 
    offset(2 * c1), data = mslong, method = "breslow")

Null model
  log likelihood= -7.742402 
  n= 16

如何在R的coxph函数中分配偏移项，该偏移项以后可在“ mstate”包中使用？

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