同源性高的基因

时间:2019-05-06 16:39:10

标签: r loops intersection

我有一个空矩阵,其中的基因位于列中,而样本位于行中,例如

> head(empty_matrix[,1:4])
      TP53 CDKN2A KRAS MYC
t_005   NA     NA   NA  NA
o_005   NA     NA   NA  NA
t_013   NA     NA   NA  NA
o_013   NA     NA   NA  NA
o_021   NA     NA   NA  NA
o_036   NA     NA   NA  NA
>                   

对于每个样本,我都有一个基因列表。例如,对于样本t_005,我有这些基因,我想强调一下我的空矩阵的姓氏中存在哪些基因

LRRK2
NAV3
PCDH17
AXIN1
ZFHX3
TP53
SMAD4
CCDC102B
STK11
SCN3A
CHL1
CTNNB1
EPHA3
SLIT2
FBXW7
ARID1B
EGFR
ABCB1
CDK6
BRAF
KCNQ3

如果我的矩阵的姓氏中存在基因,我要为此写 MUT; ;例如,对于样本 t_005 ,如果我具有 基因TP53 ,我想编写 MUT;列中的 对应于基因TP53和样本 t_005 ,因为 TP53 我的矩阵我不知道该怎么做

1 个答案:

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