Question

在相关ggplot中，我想在一些数据点对之间添加一些额外的“微型回归线”。

我有10种，在2010年和2014年两次被观察到。

set.seed(42)
obs_2010 <- runif(10, min=1, max=20)
obs_2014 <- runif(10, min=1, max=20)
species <- c("A","B","C","D","E","F","G","H","I","L")
DF <- data.frame(species, obs_2010, obs_2014, stringsAsFactors=T)

我绘制了2010年的值与2014年的值，并得到了相关图。 https://i.stack.imgur.com/W8fM3.jpg

其中一些是姊妹物种（比如A-L，B-I，G-H）。除了基于所有10种的回归线外，我还要在点A和点L之间画一条线，在点B和点I之间画一条线，在点G和点H之间画一条线。基本上，我想得到这个图（现在已经用Paint;）了） https://i.stack.imgur.com/9uXEQ.png

以下是我进行的一些不成功的尝试：

#pairs to connect: A-L, B-I, G-H
sister=c(1,2,NA,NA,NA,NA,3,3,2,1)

sistasp <- data.frame(species=DF$species,sister=sister, stringsAsFactors=T)

#trial1
ggplot(DF, aes(x=obs_2010, y=obs_2014)) + 
  geom_point(aes(col=species), shape=16, size=3) + theme_bw() + xlim(0,20) + ylim(0,20) +
  geom_smooth(method=glm, se=F, col="black") +   
  geom_line(aes(group=sister), na.rm=T)
#almost good, but also points with NA (those without sister species) are connected

#trial2
ggplot(DF, aes(x=obs_2010, y=obs_2014)) + 
  geom_point(aes(col=species), shape=16, size=3) + theme_bw() + xlim(0,20) + ylim(0,20) +
  geom_smooth(method=glm, se=F, col="black") +  
  geom_segment(data = merge(DF, sistasp, by = "sister"), 
             aes(x=y2010.x, xend=y2010.y, y=y2014.x, yend=y2014.y))
#error message Error in FUN(X[[i]], ...) : object 'y2010.x' not found

谢谢您的帮助=）

Answer 1

因此，我认为您的第一种方法几乎是正确的，但是您可能希望将要传递给geom_line()的数据子集化为仅包含姐妹信息的数据。我将$sister添加到了DF，以便分组与数据保持一致。

DF$sister <- sister

ggplot(DF, aes(x=obs_2010, y=obs_2014)) + 
  geom_point(aes(col=species), shape=16, size=3) + theme_bw() + xlim(0,20) + ylim(0,20) +
  geom_smooth(method=glm, se=F, col="black") +   
  geom_line(data = DF[!is.na(sister),], aes(group=sister), na.rm=T)

是给您想要的东西吗？

按组在一些耦合数据点之间绘制连接线

1 个答案: