PreprocessCore程序包

Question

我对R很陌生，并且得到了包含源代码的作业。

部分源代码包括以下行：

library(preprocessCore)

然后我在源代码中定义了以下函数：

quantile.normalize.raw.gtex <- function(edata.mat)

{
    norm_edata = normalize.quantiles(as.matrix(edata.mat))
    rownames(norm_edata) = rownames(edata.mat)
    colnames(norm_edata) = colnames(edata.mat)
    return(norm_edata)
}

最后，在发送预定义的参数后，我将一个对象初始化为该函数的输出：

tissue.edata.qn = quantile.normalize.raw.gtex(tissue.edata)

据我了解，库函数应该包含函数normalize.quantiles，该函数在源代码中定义的函数中被调用。

但是，当我运行library(preprocessCore)行时，出现以下错误：

  

库（preprocessCore）中的错误：

     

没有名为“ preprocessCore”的软件包

我还尝试运行其余代码并得到错误：

  

normalize.quantiles（as.matrix（edata.mat））中的错误：

     

找不到函数“ normalize.quantiles”

我在网上寻找了 preprocessCore ，最终我尝试编写install.packages("preprocessCore")，但是我收到一条警告消息，即该软件包仅在R版本3.6.0中可用，即使我检查了一下，这是我的版本。

如果有人知道问题出在哪里，我将感谢您的帮助。

预先感谢

Answer 1

preprocessCore软件包位于 Bioconductor 中。因此，要安装它，您需要执行以下操作：

source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("preprocessCore")

之后，您可以使用library(preprocessCore)

加载程序包

希望有帮助。