如何仅使用相异矩阵中的二元组子集来计算LCBD(局部对β多样性的贡献)?

时间:2019-04-30 14:10:01

标签: r

我正在r中的空间软件包中使用beta.div()函数来尝试计算LCBD指数,比较其宿主小鼠群中肠道菌群的社区数据。默认的LCBD表示每个社区与其他所有社区相比的唯一性,但是我希望我的LCBD指数反映一个社区的唯一性,而不是将其与整个鼠标宿主群体中的一组其他社区(邻居宿主)相比。有没有一种方法可以将单个/逐点LCBD的计算限制为相异矩阵中的二元组子集?

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