Question

我有由几个单元格组成的图像（像任何一般形式一样）。在csv文件中为我提供了坐标，该文件具有部分图像的roi，我需要对其进行裁剪并将其保存为新文件，其中图像文件名作为文件夹名，坐标单元格名称作为图像名在图像文件夹中。

我能够使用pil库中的作物分别裁剪图像，但是我不确定如何从图像中提取多个单元格的坐标数据，以及如何从图像中提取该roi。

def func3():
    try:
        for i in range():
            for j in range():
                do_something()
    except:
        print(error)

def func4():
    for i in range():
        for j in range():
            try:
                do_something()
            except:
                print(error)

在上面的代码中，我手动设置了坐标，但是我想编写一个程序，在该程序中，从csv文件中提取坐标，并根据图像中的roi进行裁剪。

这是csv文件内容的示例-

import glob,os,sys
from PIL import Image

class ROIExtraction:
    def readImages(inputFolder):
        ext = ['.png', '.jpg', '.gif', '.jpeg', '.tif', '.tiff']
        files = []
        path = inputFolder + "/*.*"
        files = glob.glob(path)
        imageFiles=[]
        for i in files:
                exten=os.path.splitext(i)[1]
                if exten in ext:
                        imageFiles.append(i)
        return imageFiles

   def processRoi(imageFiles):
        for imagePath in imageFiles:
            img_name = os.path.splitext(os.path.basename(imagePath))[0]
            output_folder = sys.argv[2]+'/'+img_name+'/'
            os.makedirs(output_folder, exist_ok=True)

            # import image
            image = Image.open(imagePath)
            img2 = image.crop((1385,45,2256,149))
            img2.show()
            img2.save(output_folder+'{}.png')



imageFiles = ROIExtraction.readImages(sys.argv[1])
ROIExtraction.processRoi(imageFiles)

Answer 1

    path ="csv.csv"
    file = open(path)
    for line in file.readlines():
        tmp = line.split("|")
        name = tmp[0]
        cord = tmp[3]
        all_snp_cord = cord.split("-")
        for snp_cord in all_snp_cord:
            snippet = snp_cord.split(",")
            #do somthing with cordinats

根据csv文件中的坐标裁剪图像中的片段

1 个答案: