Question

我正在使用linux中的R和R studio对RNA-seq数据进行聚类，并尝试在我的数据中使用hdbscan时得到有效的聚类。

  cl <- hdbscan(df,  minPts = 3)

但是在密谋中我得到了

  plot(df, col=cl$cluster+1, pch=20)
  "Error in plot.new() : figure margins too large"

检查hdbscan结果时，我发现生成的高度非常高：

     cl[["hc"]][["height"]]

     [1]  21700.57  21700.57  26027.15  26027.15  27221.11  29063.11  30080.87  30080.87  34803.54  34803.54  34803.54  35775.50  35886.08
     [14]  35963.29  36803.33  38893.20  38977.56  39630.96  39932.62  42301.11  44773.94  49477.12  59399.24  66437.75  69400.31  75655.63
     [27] 119629.50 162734.23

我尝试过划分这个高度：

   cl[["hc"]][["height"]] = cl[["hc"]][["height"]]/10000

没有成功。我也尝试过：

 x11() #to open a new R window

 #increasing the graph area size by dragging

 par(mar = rep(2, 4)) #also with many other values

 #clearing all plots

 graphics.off()
 par("mar")
 par(mar=c(1,1,1,1))

 pdf("teste.pdf")
 plot(df, col=cl$cluster+1, pch=25)
 dev.off()

有什么想法吗？

plot.new（）中的错误：HDBSCAN包中的图边距太大

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