Question

问题

我想将字典中的“值”变量（通过简单的csv文件创建）传递给python内的子进程sed调用，问题是我得到了一个错误：

sed：-e表达式＃1，字符1：未知命令：`''

当我运行以下脚本时：

import sys
import subprocess

speciesdictfile = open("speciesfiletest.csv",'r')

file = sys.argv[1]

dict = {}

for line in speciesdictfile:
    fields = line.split(',')
    dict[fields[0]] = fields[1]


for line in file:
    for key, value in dict.items():
        if file == key:
            subprocess.call(["sed", "'s/>/>" + value + "_/g'", file])

当我尝试这样做时：

subprocess.call(['sed', 's/>/>' + value + '_/g', file])

我收到以下错误：

sed：-e表达式＃1，字符30：未终止的“ s”命令

示例输入

字典CSV文件：

file,Species
GCF_000006175.1_ASM617v2_genomic.faa,Methanococcus voltae
GCF_000006805.1_ASM680v1_genomic.faa,Halobacterium sp.

我要搜索和替换的文件，例如，文件名为GCF_000006175.1_ASM617v2_genomic.faa：

>NZ_LT985082.1_1_1
EQVWKSIKKYMAYYLFDTIEFMEKLFEKEFYRIVNRDSYYKNWISKFIMIN*
>NZ_LT985082.1_2_1
MKFNISKLWNPTGFFISFFMSFLMPIMFAVPFGYIPIDIFLYQQLIRWPVAYFIVTLIVI
PISLYLAKSFFTFPPTDRFFNPVTFFISLQMSFIMPFLLGYGFGSMSLNILFLMWPMRWV
VAYFMVNFAIRPLSISLARIVFNVEPQHLIIKF*

所需的输出

有效的sed命令，将行的每个实例替换为'>'，并用'>'替换value变量，其后没有空格，例如：

>Methanococcus_voltae_NZ_LT985082.1_1_1
EQVWKSIKKYMAYYLFDTIEFMEKLFEKEFYRIVNRDSYYKNWISKFIMIN*
>Methanococcus_voltae_NZ_LT985082.1_2_1
MKFNISKLWNPTGFFISFFMSFLMPIMFAVPFGYIPIDIFLYQQLIRWPVAYFIVTLIVI
PISLYLAKSFFTFPPTDRFFNPVTFFISLQMSFIMPFLLGYGFGSMSLNILFLMWPMRWV
VAYFMVNFAIRPLSISLARIVFNVEPQHLIIKF*

Answer 1

问题是从csv文件中提取了换行符。我用以下方法解决了这个问题：

import sys
import subprocess

speciesdictfile = open("speciesfiletest.csv",'r')

file = sys.argv[1]

dict = {}

for line in speciesdictfile:
    fields = line.rstrip().split(',')
    dict[fields[0]] = fields[1]


for line in file:
    for key, value in dict.items():
        if file == key:
            subprocess.call("sed -e 's/>/>" + value + "_/g' " + file, shell=True)

行

fields = line.rstrip().split(',')

停止存储在词典中的换行符，这使它们可以在subprocess.call sed命令中使用。

将变量传递给python中的subproccess.call sed命令

1 个答案: