Question

我正在使用R中的pavo软件包分析花朵的色谱，需要对同一物种的所有光谱求平均值。光谱全部集中在一个文件夹中，因此我需要分别阅读所有光谱并将其取平均值，以便最终得到每种植物物种的一个平均光谱。我对每种物种有不同数量的光谱。

我如何指定我要基于的聚合光谱（例如）每个频谱的前四个字母？在下面的示例中，我想汇总所有多gal光谱和所有larcun光谱。的 pavo手册对我没有帮助，我在此看不到有关pavo的任何帖子论坛。预先感谢您的帮助。

我尝试使用aggspec函数，因为我没有设法根据每个质谱图文件名的首字母进行汇总。

到目前为止，我只设法读取所有光谱，绘制它们，并分别获取每个文件所需的变量（色相，色度，色度），但我需要按物种对光谱进行平均。

library(pavo)
#I create fake spectra, for two individuals of polygal species and three of larcun species
wl = seq(300, 560, 10)
polyg1 = c(2.381,  2.758,  2.923,  2.883,  3.127,  3.365,  3.364,  3.341,  3.42,  3.507,  3.534,  3.654, 3.782, 3.96, 4.125, 4.4,  4.691,  5.275,  5.888, 6.563,  7.275,  8.138,  8.866,  9.591, 10.121,  10.565,  10.895) 
polyg22 = spec1 + runif(27, 0, 2)
larcun1 = spec1 + runif(27, 0, 2)
larcun2 = spec1 + runif(27, 0, 2)
larcun3 = spec1 + runif(27, 0, 2)

all.specs = cbind (wl, polyg1, polyg22, larcun1, larcun2, larcun3)
spectra1 = as.rspec(all.specs, interp = FALSE)
spectra.smooth = procspec(spectra1, opt = "smooth")
plot(spectra.smooth)
explorespec(spectra.smooth)

Answer 1

考虑使用pavo::aggspec的特殊 by 变体：

by
... ...一个向量，其中包含光谱数据框中各列的标识（在这种情况下，该功能将应用于每组光谱具有相同的标识）；

具体来说，创建一个字符向量，以标记所需的种类，这些种类按列标题的前五个字母分组。注意： wl （如果存在）在此调用中将被忽略。

species <- substr(names(spectra.smooth), 1, 5)

species_agg <- aggspec(spectra.smooth, by=species, FUN=mean)

输出（以列标题作为字符向量中的值）

species_agg
#     wl  species1  species2  species3  ...
# 1  100   ##.####   ##.####   ##.####   
# 2  101   ##.####   ##.####   ##.####   
# 3  102   ##.####   ##.####   ##.####   
# ...

如何根据光谱名称在pavo软件包（R）中聚合光谱

1 个答案: