合并子文件夹中的文件以处理大量子文件夹

时间:2019-04-23 06:49:58

标签: python

我正在分析生物信息学管道(qiime)中的一些数据。我正在尝试使用cat命令在子文件夹中合并两个文件-我需要对330个文件执行此操作,但是命令字符串有问题。

我当前的字符串:

cat AdapterRemoval/*.fastq/output_paired.collapsed AdapterRemoval/*.fastq/output_paired.collapsed.truncated > AdapterRemoval/*.fastq/mergedfile.fastq

这是我正在使用的代码-带*指示命令应在所有.fastq文件夹中查找文件output_paired和output_paired.collapsed,然后将这些文件合并为一个mergedfile.fastq并将其放置在同一文件夹中可以找到原始文件。

例如:

AdapterRemoval/C1.fastq/output_paired.collapsed AdapterRemoval/C1.fastq/output_paired.collapsed.truncated > AdapterRemoval/C1.fastq/mergedfile.fastq

以便将在AdapterRemoval / C1子文件夹中找到的这两个文件合并,并将合并后的文件放置在同一子文件夹中。

实际上,当我使用带有特定文件夹ID的单个文件路径像这样输入时,它可以工作。但是当我用*代替子文件夹时,出现一个错误,提示没有AdapterRemoval / *。fastq / mergedfile.fastq

这样的目录或文件。

有人知道我在做什么错吗?任何帮助将不胜感激!

谢谢

萨拉

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