我正在分析生物信息学管道(qiime)中的一些数据。我正在尝试使用cat命令在子文件夹中合并两个文件-我需要对330个文件执行此操作,但是命令字符串有问题。
我当前的字符串:
cat AdapterRemoval/*.fastq/output_paired.collapsed AdapterRemoval/*.fastq/output_paired.collapsed.truncated > AdapterRemoval/*.fastq/mergedfile.fastq
这是我正在使用的代码-带*指示命令应在所有.fastq文件夹中查找文件output_paired和output_paired.collapsed,然后将这些文件合并为一个mergedfile.fastq并将其放置在同一文件夹中可以找到原始文件。
例如:
AdapterRemoval/C1.fastq/output_paired.collapsed AdapterRemoval/C1.fastq/output_paired.collapsed.truncated > AdapterRemoval/C1.fastq/mergedfile.fastq
以便将在AdapterRemoval / C1子文件夹中找到的这两个文件合并,并将合并后的文件放置在同一子文件夹中。
实际上,当我使用带有特定文件夹ID的单个文件路径像这样输入时,它可以工作。但是当我用*代替子文件夹时,出现一个错误,提示没有AdapterRemoval / *。fastq / mergedfile.fastq
这样的目录或文件。有人知道我在做什么错吗?任何帮助将不胜感激!
谢谢
萨拉