Question

我有一个向量

vec <- c("16S_s95_S112_R2_101.fastq.gz",
         "16S_s95_S112_R1_001.fastq.gz",
         "16S_s94_S103_R2_021.fastq.gz",
         "16S_s94_S103_R1_001.fastq.gz")

我想使用sample <- "_s95_"和R1 <- "R1"来添加项目。

我想在做grepl的同时使用sample和R1对象，并找到与_s95_和R1都匹配的字符串。

我想要的结果是16S_s95_S112_R1_001.fastq.gz。我尝试了grepl(pattern = sample&R1, x= vec)，但此方法对我不起作用。

我可以用多个grepl来做到这一点，但是我试图找到一些整洁的东西来做这个。

Answer 1

您需要在模式上做更多工作才能获得匹配，请尝试：

> grep(paste0(".*", sample, ".*", R1), vec, value=TRUE)
[1] "16S_s95_S112_R1_001.fastq.gz"

Answer 2

对于您知道模式顺序的特定用例，几乎可以肯定，遵循Jilber Urbina's建议以编程方式组成单个正则表达式会更快。

对于更通用的解决方案，无论其顺序如何，都可以使用任意数量的模式，我们可以使用sapply遍历每个模式，然后使用rowSums来计算模式匹配的数量和找到所有匹配的行：

patterns = c("_s95_", 'R1')

sapply(patterns, function(x) grepl(x, vec))
     _s95_    R1
[1,]  TRUE FALSE
[2,]  TRUE  TRUE
[3,] FALSE FALSE
[4,] FALSE  TRUE

vec[which(rowSums(sapply(patterns, function(x) grepl(x, vec))) == length(patterns))]

[1] "16S_s95_S112_R1_001.fastq.gz"

如何在R中使用两个模式对象来grepl

2 个答案: