生成一个for循环,进行绘制并为其赋予正确的标题

时间:2019-04-19 23:04:19

标签: r bioinformatics data-analysis

问题出在for循环中。似乎它没有为使用Aastat函数生成的每个图绘制标题。

prot_seq <- read.fasta("FGF2-ortholog-proteins", seqtype = "AA" )       
anns <- (getAnnot(prot_seq))
org_names <- c("Homo sapiens", "Pan troglodytes", "Gallus gallus", "Rattus norvegicus", "Mus musculus", "Canis lupus familiaris")
all_seq <- getSequence(prot_seq)
for (i in all_seq) {
  AAstat(i)
  title(org_names[i])
}

输出应为不同氨基酸序列的不同图,并在上面带有正确的标题(生物体名称)。但是,我得到的只是一个没有标题的情节。

1 个答案:

答案 0 :(得分:0)

由于您正在使用以下内容遍历all_seq

for (i in all_seq) {

i的值将是all_seq中的序列,而不是可用于子集org_names的数字索引。

要以所需的方式运行循环,应与seq_along循环以获取数字索引,然后将其用于循环中的all_seq子集:

for (i in seq_along(all_seq)) {
      AAstat(all_seq[i])
      title(org_names[i])
}