Question

我正在为Modeller运行模型评估协议。它评估每个模型并将其结果写入单独的文件。但是，我必须为每个模型运行它并写入单个文件。

这是原始代码：

from modeller import *
from modeller.scripts import complete_pdb

log.verbose()    # request verbose output
env = environ()
env.libs.topology.read(file='$(LIB)/top_heav.lib') # read topology
env.libs.parameters.read(file='$(LIB)/par.lib') # read parameters

# read model file
mdl = complete_pdb(env, 'TvLDH.B99990001.pdb')

# Assess all atoms with DOPE:
s = selection(mdl)
s.assess_dope(output='ENERGY_PROFILE NO_REPORT', file='TvLDH.profile',
              normalize_profile=True, smoothing_window=15)

我添加了一个循环以在一次运行中评估每个模型，但是我正在创建多个文件（每个模型一个），我想将所有评估结果打印在一个文件中

from modeller import *
from modeller.scripts import complete_pdb

log.verbose()    # request verbose output
env = environ()
env.libs.topology.read(file='$(LIB)/top_heav.lib') # read topology
env.libs.parameters.read(file='$(LIB)/par.lib') # read parameters

#My loop starts here
for i in range (1,1001):
    number=str(i)
    if i<10:
        name='000'+number
    else:
        if i<100:
           name='00'+number
        else:
             if i<1000:
                name='0'+number
             else:
                  name='1000'

# read model file
mdl = complete_pdb(env, 'TcP5CDH.B9999'+name+'.pdb')

# Assess all atoms with DOPE: this is the assesment that i want to print in the same file
s = selection(mdl)
savename='TcP5CDH.B9999'+name+'.profile'
s.assess_dope(output='ENERGY_PROFILE NO_REPORT', 
              file=savename,
              normalize_profile=True, smoothing_window=15)

由于我是编程新手，所以任何帮助都将非常有帮助！

Answer 1

欢迎：-)看起来你很亲密。让我们向您介绍如何使用python函数和.format（）语句。

您的原件上有一条注释行# read model file，看起来它可能是一个函数，因此让我们尝试一下。可能看起来像这样。

from modeller import *
from modeller.scripts import complete_pdb

log.verbose()    # request verbose output
# I'm assuming this can be done just once
# and re-used for all your model files...
# (if not, the env stuff should go inside the
# read_model_file() function.
env = environ()
env.libs.topology.read(file='$(LIB)/top_heav.lib') # read topology
env.libs.parameters.read(file='$(LIB)/par.lib') # read parameters

def read_model_file(file_name):
    print('--- read_model_file(file_name='+file_name+') ---')
    mdl = complete_pdb(env, file_name)
    # Assess all atoms with DOPE:
    s = selection(mdl)
    output_file = file_name+'.profile'
    s.assess_dope(
        output='ENERGY_PROFILE NO_REPORT',
        file=output_file,
        normalize_profile=True,
        smoothing_window=15)

for i in range(1,1001):
    file_name = 'TcP5CDH.B9999{:04d}pdb'.format(i)
    read_model_file(file_name)

使用.format（）我们可以获得10个多次if语句检查？ 100？ 1000？基本上.format（）会将 {} 大括号替换为参数。它可能非常复杂，但您无需一概而论。

示例： 'Hello {}!'.format('world')产生Hello world!。 {:04d}的东西使用格式化，基本上说：“请制作一个4个字符的宽数字子字符串并将其填充为零，因此您应该得到'0001', ..., '0999', '1000'。只需{:4d}（前导零）就可以为您填充空格（例如' 1', ..., ' 999', '1000'）。以下是有关零填充的更多信息：Display number with leading zeros

如何将每个循环结果打印到单个文件？

1 个答案: