我正在使用 edge 库中的ODP函数来从非常大的矩阵(尺寸:287 * 19000)中识别差异表达的转录本。我收到意外的错误代码,找不到解决方法。
由于只能有限地使用在线提供的软件包,所以我找不到任何有用的东西。
endoexpr <- t(tr)
colnames(endoexpr) <- NULL
rownames(endoexpr) <- NULL
class <- samples$group
ind <- samples$participant
time <- as.integer(samples$time.point)
de_obj <- build_study(data = endoexpr, grp = class,
tme = time, ind = ind, sampling = "timecourse")
de_odp <- odp(de_obj, n.mods = 50, bs.its = 10)
预期结果在包装中(https://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/vignettes/edge/inst/doc/edge.pdf,第7章)。