Question

我正在使用argparse库通过命令行界面使用ggpubr库构建箱形图。我可以手动重新排列我感兴趣的特定列。但是，我想使用argparse重新排序特定的列。我不知道如何使用 df $ args $ reorder 名称。

不知何故，我需要使生产线自动化

df$Population <- factor(df$Population, levels = c("Control", "American"))

到

get(args$reorder, df) <- factor(get(args$reorder, df), levels = c(args$new_order))

或

df$args$reorder <- factor(df$args$reorder, levels = c(args$new_order)

这是我尝试过的代码

#!/usr/local/bin/Rscript

suppressWarnings(library(argparse))
suppressWarnings(library(ggpubr))

parser <- ArgumentParser(description="Tools for making plot from command line") 

parser$add_argument("--file", type="character", help="Input file")
parser$add_argument("--x-ax", type="character", help="x_axis value")
parser$add_argument("--y-ax", type="character", help="y_axis value")
parser$add_argument("--color", type="character", help="color by")
parser$add_argument("--facet-col", type="character", default=NULL, help="facet by")
parser$add_argument("--reorder", type="character", default=NULL, help="reorder a column")
parser$add_argument("--new_order", type="character", default=NULL, help="new orders for the items")

args <- parser$parse_args()

df <- read.csv(args$file)

head(df)
#Population  Diet BloodPressure
#1   American Vegan           167
#2   American Vegan           160
#3   American Vegan           162
#4   American Vegan           165
#5   American Vegan           159
#6   American Vegan           177

#The line below can manually reorder the items in the column.
#df$Population <- factor(df$Population, levels = c("Control", "American"))

# I want to do something like this
#get(args$reorder, df) <- factor(get(args$reorder, df), levels = c(args$new_order))


fig <- ggboxplot(df, x = args$x_ax , y = args$y_ax, 
facet.by = args$facet_col, fill = args$color, palette = "npg")

ggsave("reorder_factor.png")

我使用的数据是here

在重新排序image is like the following

之前

并重新排序image is like following

Answer 1

抱歉！我通过偶然的尝试和错误解决了这个问题。

df[[args$reorder]] <- factor(df[[args$reorder]], levels = args$new_order)

尽管我不知道这是如何工作的。编码愉快。

通过factor（）并使用argparse中的变量对数据帧的列进行重新排序

1 个答案: