将ggdend树与geom_scatterpie组合

Question

我有一个系统发育树：

my.tree <- ape::read.tree(text = "((rat:0.06290316531,mouse:0.06094803666):0.05175420892,human:0.09883650566);")

然后我将其转换为ggdend对象：

library(dplyr)
my.dend <- phylogram::as.dendrogram.phylo(my.tree) %>%
  dendextend::hang.dendrogram() %>%
  dendextend::hang.dendrogram(hang = -1) %>%
  dendextend::as.ggdend()

我想使用my.dend绘制ggplot2并将其添加到叶子饼图中。

这里是data.frame，它描述了每个叶子的饼图：

set.seed(1)
labels.df <- data.frame(label = c("human","mouse","rat"),t(apply(matrix(runif(9,0,1),3,3),1,function(x) x/sum(x))),check.names = F) %>%
  dplyr::left_join(my.dend$labels %>% dplyr::select(x,y,label))

我认为使用my.dend的{​​{1}}将labels.df和scatterpie的绘图结合起来是可行的。

我这样做：

geom_scatterpie

哪个给：

如果在末尾添加library(ggplot2) library(scatterpie) ggplot(my.dend,labels=F,horiz=T)+guides(fill=F)+coord_flip()+annotate("text",size=4.5,hjust=0,x=my.dend$label$x,y=my.dend$label$y,label=my.dend$label$label)+labs(x="",y="")+theme_minimal()+ theme(axis.text=element_blank(),axis.ticks=element_blank(),panel.grid=element_blank(),legend.position="none",legend.text=element_blank(),legend.background=element_blank(),legend.key=element_blank())+ geom_scatterpie(aes(x=x,y=y+0.05),data=labels.df,color=NA,cols=as.character(1:3)) ：

+coord_flip()

馅饼不会变形，但是树会翻转成垂直的-根朝下：

有什么主意如何使馅饼不变形并且树的根部在左侧水平吗？

Answer 1

看起来分开绘制系统发育和scatterpie然后合并它们会更容易：

数据：

my.tree <- ape::read.tree(text = "((rat:0.06290316531,mouse:0.06094803666):0.05175420892,human:0.09883650566);")

library(dplyr)
my.dend <- phylogram::as.dendrogram.phylo(my.tree) %>%
  dendextend::hang.dendrogram() %>%
  dendextend::hang.dendrogram(hang = -1) %>%
  dendextend::as.ggdend()

set.seed(1)
labels.df <- data.frame(label = c("human","mouse","rat"),t(apply(matrix(runif(9,0,1),3,3),1,function(x) x/sum(x))),check.names = F) %>%
  dplyr::left_join(my.dend$labels %>% dplyr::select(x,y,label))

library(ggplot2)
library(scatterpie)

图：

my.dend <- ggplot(my.dend,labels=F,horiz=T)+guides(fill=F)+coord_flip()+annotate("text",size=4.5,hjust=0,x=my.dend$label$x,y=my.dend$label$y,label=my.dend$label$label)+labs(x="",y="")+theme_minimal()+theme_void()
my.scatterpie <- ggplot()+geom_scatterpie(aes(x=y,y=x,r=0.1),data=labels.df,color=NA,cols=as.character(1:3))+coord_equal()+labs(x="",y="",fill="Cluster")+theme_minimal()+theme_void()

gridExtra::grid.arrange(grobs=list(my.dend,my.scatterpie),ncol=2,nrow=1)

然后我们得到：

如果有人可以添加，能够缩小将树与派分开的一些空间，将是一个很好的选择。