如何使用Datashader为图的节点着色?

时间:2019-04-16 12:56:26

标签: python bokeh holoviews datashader

我想用datashader可视化图形(我有很多节点),如

import holoviews as hv
import pandas as pd
import dask.dataframe as dd
from holoviews.operation.datashader import (
    datashade, aggregate, dynspread,
    bundle_graph, split_dataframe, regrid
)
from holoviews.element.graphs import layout_nodes
from datashader.layout import random_layout

hv.extension('bokeh')

sources = [3, 1, 2, 3, 4]
targets = [5, 5, 5, 5, 5]
df = pd.DataFrame({'source': sources, 'target': targets})
edges_df = dd.from_pandas(df, npartitions=3)

graph = layout_nodes(hv.Graph(edges_df), layout=random_layout)
pad = dict(x=(-.5, 1.3), y=(-.5, 1.3))
datashade(graph, width=800, height=800) * graph.nodes.redim.range(**pad)

这可行,但是由于我的图形是bipartite,我想用不同的颜色为sourcestargets节点上色,例如使用如下调色板:
my_colors_dict = {5: 'red', 3: 'blue', 1: 'blue', 2: 'blue', 4: 'blue'}
(即,所有节点均为蓝色,但我的targets中的单个节点为“ 5”)

我该如何实现?我对图书馆还不是很熟悉,并且可能直到现在才提出笨拙的尝试。

1 个答案:

答案 0 :(得分:1)

您应该能够做到这一点,方法是为每个节点分配一个类别,然后将该列映射为http://holoviews.org/user_guide/Style_Mapping.html中所述的颜色。但是,如果您不想更改数据结构并且不介意有点骇人听闻,可以始终通过覆盖节点的重新着色子集来做到这一点:

targets = graph.nodes.clone()
targets.data = graph.nodes.data[4:]

datashade(graph, width=800, height=800) * graph.nodes.redim.range(**pad) * targets.opts(color='red')

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