我的prop.test函数中每个测试的p.value是多少?

时间:2019-04-15 13:54:55

标签: r bioinformatics p-value

prop.test函数中每个测试的p值是多少? (请参见下面的代码)。

进行多次测试(在这种情况下,k = 10,000个测试)时,我想在prop.test中找到每个测试的alpha,因为它显然不是0.05。函数prop.test必须以某种方式调整p值。

在Internet和R(在控制台中键入prop.test)上阅读时,我没有找到关于p值以及如何获取它的答案。我意识到在控制台中键入prop.test会有所帮助,但是我尝试了一下,并且无法充分理解prop.test代码,无法理解alpha(对于单个测试)是什么。因此,如果有人能解释我如何获得此数字的Alpha(针对单个测试),我将不胜感激。

非常感谢, / Pedram

k <- 10000

pH0 <- 1:k
pH1 <- 1:k
nA <- 4000
nB <- 4000
p0 <- 0.01
p1 <- 2*p0

a = 0.05
pD = a

for(i in 1:k)
{
      x1 <- rbinom(1,nA,p0)
      x2 <- rbinom(1,nB,p0)
      y <- rbinom(1,nA,p1)

      pH0[i] <- prop.test(c(x1,x2),c(nA,nB))$p.value < pD
      pH1[i] <-prop.test(c(x1,y),c(nA,nA))$p.value < pD 
}
print(paste("FDR =",sum(pH0)/sum(pH0+pH1)))
print(paste("True positives =",sum(pH1)/k))
print(paste("FWER =",(1-((1-pD)^k)))

1 个答案:

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除非您将select department, sum(price) price from item where substr(date, 7) || '-' || substr(date, 1, 2) || '-' || substr(date, 4, 2) >= datetime('now', '-7 day') group by department 指定为conf.level以外的其他值,否则默认将alpha级别设置为0.5:

0.95

prop.test(x, n, p = NULL, alternative = c("two.sided", "less", "greater"), conf.level = 0.95, correct = TRUE) conf.level相同。上面的代码块来自RStudio帮助菜单。