Question

我有3列，其中有很多行。第一和第三列是名称，第二列是值。我想创建一个新的matrix / data.frame，其中原始矩阵的第一列变为唯一的行名，第三列变为唯一的列名，第二列的值正确地填充到新矩阵中。

Answer 1

首先，您必须汇总一些行，因为如果您具有重复两次的唯一sample_id和唯一taxon_id的组合，则在列表中不能有唯一的行名和唯一的列名。最终输出。我做了一个假设，对唯一样本分类群组合的值求和（使用库 dplyr 的函数group_by()和summarise()）。

然后，因为我确定有独特的样本分类单元组合，所以我使用了库 tidyr 中的函数spread()，以便将列taxon-id转换为列。

library(dplyr)
library(tidyr)

data.frame(
  sample_id = rep('SRX14', 4),
  abundance = c(5, 0, 645, 1042),
  taxon_id  = c('TACGG', 'AACGT', 'TACGG', 'TACGA')
) %>% 

  group_by(sample_id, taxon_id) %>% 
  summarise(abundance = sum(abundance)) %>% 

  spread(key = taxon_id, value = abundance)

#   sample_id AACGT TACGA TACGG
#   <fct>     <dbl> <dbl> <dbl>
# 1 SRX14         0  1042   650

如何操纵这个矩阵？

1 个答案: