Question

我在R中使用REMP包来查找重复元素中的甲基化。我偶然发现函数initREMP，该函数给我错误：

remparcel <- initREMP(arrayType = "EPIC", REtype = "Alu",  ncore = 1)
Start Alu annotation data initialization ...  (0 sec.)
Illumina platform: EPIC
Error in .Hub("AnnotationHub", hub, cache, proxy, localHub, ...) : 
  Local database does not exist.
  Repeat call with 'localHub=FALSE'

我从生物导体上安装了Commenthub软件包，然后再次尝试了该功能。错误仍然存在。

Answer 1

最后我得到了答案。如果您在代理服务器后面工作，getAnnotationHub函数将无法与URL建立连接，因此我们必须使用

设置代理

library(AnnotationHub) setAnnotationHubOption("PROXY","https://username:password@proxy:port") 然后尝试

AnnotationHub( hub=getAnnotationHubOption("URL"), cache=getAnnotationHubOption("CACHE"), proxy=getAnnotationHubOption("PROXY"), localHub=FALSE)

如何修复.Hub（“ AnnotationHub”，中心，缓存，代理，localHub等错误）

1 个答案: