如何生成tSNE图

时间:2019-04-14 08:45:30

标签: plot rstudio

我是系统生物学高内涵成像领域的研究员。
我需要生成tSNE图,以观察药物治疗后癌细胞中表型的连续性。

我很难将药物条件分配给特定的孔,并用孔的​​行和列坐标(列“ well_row”和“ well_col”标识)。因此,我附加了两个data.frame:“所有数据”文件包含给定孔中存在的所有地图对象(单元格),它们由“ well_row”和“ well_column”列定义。在“所有数据”图片中,well_row=3well_column=13以及这些孔坐标对于同一孔中存在的所有单元重复。在所有数据数据帧的下方还有其他孔(例如well row=4well_col=13等)。

在所附的另一张图片中,我有一个“位置”文件,其中将每种药物状况分配给在alldata文件中以相同孔坐标(well_row和well_col)标识的每个孔。例如,对于井(313),该药物是曲美替尼,一种MEK抑制剂。

我想合并两个数据框(所有数据和位置),以便根据协调良好的条件对孔中的所有细胞重复条件(“药物”和“类药物”列) }}和well_row)是两个数据帧中共有的两列,但在“位置”数据帧中是唯一的...

我当时认为函数是“合并”,“重复”和“%in%”,但是我不知道如何将它们连接起来。有人可以帮助我吗?

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