我有一个数据库,其中已将VCF文件作为blob变量插入。我能够毫无问题地检索它。但是,然后我需要将其传递给需要VCF文件名的各种函数(VariantAnnotation等)。如果我已经将所有数据都包含在字符串中,是否可以“伪造”文件对象以传递给这些功能?
我目前正在将其写到文件中,以便将其传递给
#x contains the entire vcf file as a character string
temp_filename = tempfile(fileext = ".vcf")
writeChar(x, temp_filename)
testVcf = readVcf(temp_filename)
unlink(temp_filename)
这行得通,但是我想尽可能避免不必要的文件I / O。