Question

我有一个代码，可以根据我的样本文件在文件夹中查找某些文件。

reads <- dir(path = file.path(reads_folder, samples$SAMPLE_ID), 
             pattern = "fastq.gz$", full.names = TRUE)

当我具有以下结构时，该代码非常有用： reads_folder / SAMPLE_ID01 / SAMPLE_ID_01.fastq.gz 。

但是我想更改文件结构，并将其保留在一个文件夹中，例如， reads_folder / SAMPLE_ID_01.fastq.gz 。这样，相同的代码将不起作用，因为它希望SAMPLE_ID是一个文件夹。

有人会知道如何做到这一点，以使所获取的文件只是我的示例文件中的文件吗？

Answer 1

如果要访问多个子文件夹中的文件，则可以设置参数recursive = TRUE。另外，要获取多种样本模式，您可以使用paste收集值。

multiple_samples <- paste0(samples$SAMPLE_ID, collapse = "|")
multiple_samples <- paste0("(", multiple_samples, ")+")

reads <- dir(path = reads_folder, 
             pattern = paste0(multiple_samples, ".*\\.fastq.gz$"), 
             full.names = TRUE, 
             recursive = TRUE)

file.path函数找不到文件

1 个答案: