我正在研究如何表示软件的功能调用图并将数据结构保存到文件中。我知道在内存中图形可以采用邻接表或正交表的形式。我的问题是如何将数据结构保存到文件中，以便以后可以将其重新加载到内存中以进行进一步的操作。它可以用json表示，还是用Graph数据库（例如Neo4j）表示？此外，如果转储到Neo4j中，是否可以计算函数调用相似度？
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它可以用json表示还是用Graph数据库（例如Neo4j）表示？
都可以。 您可以使用json表示图，例如GraphSON，JSON Graph等。 也可以将它们加载到诸如Neo4j之类的图形数据库中。
还有，如果转储到Neo4j中，是否可以计算函数调用相似度？
我不熟悉函数调用相似性，但是Neo4j的图形算法包（https://neo4j.com/docs/graph-algorithms/current/algorithms/similarity/）中有一些关于相似性的算法，您可以看看。
但是，如果您所有的计算都在内存中完成，这意味着您仅读取一次磁盘上的数据，然后选择自己进行计算，那么直接将内存图数据结构转储到磁盘上可能是一个更好的主意，易于实现，并可能为您提供更好的数据加载性能。
图形存储的格式高度依赖于图形计算的形式，因此，如果您可以提供一些有关计算函数调用相似性的信息，它将为我的回答提供很好的帮助。