Question

我有以下代码段，我希望在长度为20的向量中用字母（A，T，G，C）替换数字（1,2,3,4）。 -loop，if语句和 sub（），因为这是显示代码对 gsub（）和 which（）的效率低下的一部分。

rand1M = round(runif(n = 20,min = 1,max = 4))

it = 1
for(i in rand1M) {
  if(i == 1) {
    rand1M[it] = sub(pattern = "1", replacement = "A", x = i)
  }
  if(i == 2) {
    rand1M[it] = sub(pattern = "2", replacement = "T", x = i)
  }
  if(i == 3) {
    rand1M[it] = sub(pattern = "3", replacement = "G", x = i)
  }
  if(i == 4) {
    rand1M[it] = sub(pattern = "4", replacement = "C", x = i)
  }
  it = it + 1
}

此代码完成了所要求的操作，结果是向量中数字的完全替换。

在此之后，我尝试删除if语句，因为考虑到 sub（）已经在检查条件，它们显得有些多余。如此：

rand1M = round(runif(n = 20,min = 1,max = 4))
it = 1
for(i in rand1M) {
    rand1M[it] = sub(pattern = "1", replacement = "A", x = i)
    rand1M[it] = sub(pattern = "2", replacement = "T", x = i)
    rand1M[it] = sub(pattern = "3", replacement = "G", x = i)
    rand1M[it] = sub(pattern = "4", replacement = "C", x = i)
  it = it + 1
}

但是，结果是只有最后一个 sub（）起作用，因此向量中仅字母C被替换。为什么会这样？

用“ x = rand1M [it]”代替“ x = i”似乎可以解决问题，但我不明白为什么。

rand1M = round(runif(n = 20,min = 1,max = 4))
it = 1
for(i in rand1M) {
  rand1M[it] = sub(pattern = "1", replacement = "A", x = rand1M[it])
  rand1M[it] = sub(pattern = "2", replacement = "T", x = rand1M[it])
  rand1M[it] = sub(pattern = "3", replacement = "G", x = rand1M[it])
  rand1M[it] = sub(pattern = "4", replacement = "C", x = rand1M[it])
  it = it + 1
}

谢谢您的输入！

Answer 1

简化代码，如下所示：

y <- sub("1", "A", x)
y <- sub("2", "T", x)
y <- sub("3", "G", x)
y <- sub("4", "C", x)

第2到第4个替换中产生的值将忽略较早的替换中产生的值。您要改为：

y <- sub("1", "A", x)
y <- sub("2", "T", y)  # y, not x, is being acted on
y <- sub("3", "G", y)
y <- sub("4", "C", y)

您的第3版与此版本很接近，因此可以使用。

对于更清晰的样式，我也将更改循环：

for (it in seq_along(rand1M)) {
  rand1M[it] = sub(pattern = "1", replacement = "A", x = rand1M[it])
  rand1M[it] = sub(pattern = "2", replacement = "T", x = rand1M[it])
  rand1M[it] = sub(pattern = "3", replacement = "G", x = rand1M[it])
  rand1M[it] = sub(pattern = "4", replacement = "C", x = rand1M[it])
}

这样，您就没有神秘的变量i，也不需要自己增加it。

了解sub（）中的x参数要求

1 个答案: