在床具中使用排序时,按字典顺序对染色体进行排序

时间:2019-04-12 09:23:05

标签: python python-3.x sorting lexicographic

在python中,当您使用bedtools排序功能时,染色体按字典顺序进行排序,因此chr12将排在chr9之前。
使用bash时,有一些方法可以解决该问题,例如- k1,1 - k2,2n,其中有很多站点都介绍了这些站点,但是它们都不使用python语法。
我的代码如下:

import pybedtools as bt
sites = bt.BedTool(input.bed).sort().merge(d=-1, c=5, o='sum').saveas('output.bed')

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