标签: python python-3.x sorting lexicographic
在python中,当您使用bedtools排序功能时,染色体按字典顺序进行排序,因此chr12将排在chr9之前。 使用bash时,有一些方法可以解决该问题,例如- k1,1 - k2,2n,其中有很多站点都介绍了这些站点,但是它们都不使用python语法。 我的代码如下:
- k1,1 - k2,2n
import pybedtools as bt sites = bt.BedTool(input.bed).sort().merge(d=-1, c=5, o='sum').saveas('output.bed')