加载.rda文件并遍历其对象

时间:2019-04-11 19:30:03

标签: r rda

我加载了一个rda文件,该文件基本上是一个数据帧列表。 如何遍历对象?

>load(data)
>attach(data)
 The following objects are masked _by_ .GlobalEnv:

GSE109597, GSE18897, GSE32575, GSE53232, GSE55205, GSE69039,
GSE83223, GSE87493, GSE98895
> R » objects()
[1] "GSE109597" "GSE18897"  "GSE32575"  "GSE53232"  "GSE55205"  "GSE69039" 
[7] "GSE83223"  "GSE87493"  "GSE98895" 

1 个答案:

答案 0 :(得分:3)

两个想法:

  1. 显式加载到新的空环境中,然后在此处进行处理:

    e <- new.env(parent = emptyenv())
    load(filename, envir = e)
    out <- eapply(e, function(x) {
      # do something with x
    })
    
  2. ?load返回“创建的对象名称的字符向量,不可见”。。如果捕获(不可见的)矢量,则应该可以执行以下操作:

    nms <- load(data)
    for (nm in nms) {
      x <- get(nm)
      # do something with x
      # optional, save it back with assign(nm, x)
    }
    # or to capture all data into a list (similar to bullet 1 above)
    out <- lapply(lapply(nms, get), function(x) {
      # do something with x
    })
    

出于某些原因,我更喜欢第一个(基于环境的)解决方案:

  • 它不会永远不会覆盖.GlobalEnv中的任何内容……了解到有时候不可复制的问题很难解决,这对我来说是巨大的
  • 它鼓励采用类似列表的操作方式,当.rda文件中的大多数或全部对象都是相同的“事物”(例如,框架,列表)并且我计划这样做时,这一点尤为重要。他们每个人都采取相同的行动
  • 如果对数据源有任何疑问,它不会使我的任何命名空间或全局环境混乱