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您的CLI引用了PHP-CLI二进制文件。但是Apache使用其内部模块(libapache2-mod-php)处理PHP脚本。您必须降级libapache2-mod-php的版本。
尝试以下命令
# Install the old version of libapache-php
sudo apt-get install libapache2-mod-php5
# Disable PHP 5.6 module
sudo a2dismod php5.6
# Enable php 5.3 module
sudo a2enmod php5
# Restart Apache
sudo service apache2 restart