Question

我有一个名为“ samples”的数据框，看起来像这样：

sample gender disease treatment
sample1      F     d   starved
sample2      F     c       fed
sample3      M     d   starved
sample4      M     d       fed
sample5      M     d   starved
sample6      M     c       fed
etc

我需要将其导入脚本中，然后relevel（）列“性别”，“疾病”和“治疗”。

现在重要的是，我正在构建一个尽可能通用的管道-除了第一列（始终称为“ sample”）外，“ samples”（列）中的列名称可能并不总是相同的“。

因此，我的R脚本的目的是导入配置文件（YAML），这将导致一个data.frame看起来像这样，并被称为“因素”：

gender disease treatment
     F control       fed

现在，我如何遍历这个“因素”以告诉它重新调整“样本”中的相应列-注意我如何确保列名在两个数据框之间匹配。到目前为止，我已经尝试过了，但是没有用：

for (i in names(factors)){
  samples[[i]] <- relevel(samples[[i]], factors[[i]])
}

我收到的错误消息是：

 Error in if (ref < 1 || ref > nlev) stop(gettextf("ref = %d must be in 1L:%d",  : 
  missing value where TRUE/FALSE needed
In addition: Warning messages:
1: In Ops.factor(ref, 1) : ‘<’ not meaningful for factors
2: In Ops.factor(ref, nlev) : ‘>’ not meaningful for factors

Answer 1

请注意，您提供的示例中存在数据不一致：factors包含"disease"的参考级别，而该参考级别在samples中不存在："control"与{{ 1}}。我认为这是一个错字，"c"（和您的原始YAML文件）实际上对于列factors的引用级别为"c"（请参阅文章末尾的示例数据）

此外，我假设"disease"和samples中所有列的列类均为factors。这应该不是关键要求，但是对于character或samples中的列为factors的情况，我尚未进行过测试。

这是一个应该很好地概括的选项。

我们从factor除 samples（根据您的问题描述始终存在）中选择所有列，然后使用samples$sample将列转换为{ {1}}和purrr::imap使用来自factors中相应列条目的参考级别。其余的与原始relevel列进行列绑定，以提供最终重新定级的factors samples$sample。

samples.relevel

样本数据

data.frame

R：根据另一个数据框的列重新调整一个数据框的列

1 个答案:

样本数据