Visual Studio 2019,Python和Neuron模拟器

时间:2019-04-06 15:39:40

标签: python visual-studio neuron-simulator

我已启动并运行Visual Studio Community 2019。我正在尝试将Python与NEURON(7.2.536.15)包一起使用。 我在Python 3.7(64位)环境中安装了Neuron软件包。 如何将神经元模拟器加载到我的Python应用程序中?

命令: 导入神经元生成:没有名为“ neuron”的模块 导入NEURON生成:没有名为“ NEURON”的模块

如何将神经元模拟器加载到VS Python

1 个答案:

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简短答案:

您需要compile NEURON from source才能从Python进行“导入神经元”工作。 NEURON官方网站在其Win编译页面上说:“ The instructions here may or may not still work.

更多详细信息:

pip软件包“ neuron”和“ pyneuron”是相同的,并已由另一组开发人员(不是主要的NEURON开发人员)发布,以使其更容易在Win下导入神经元模块。似乎只支持Python 2.7(只有32位?)。参见:https://bitbucket.org/uric/pyneuron/wiki/Home

还有其他尝试在Win下允许“从神经元导入h”: https://www.neuron.yale.edu/phpBB/viewtopic.php?t=2501

https://www.neuron.yale.edu/phpBB/viewtopic.php?f=5&t=2604

如果您可以切换到32位Python 2.7,则该包可能仍对您有用。

但是,通常,如果需要在VS / Windows下使用NEURON + Python,我可以建议一些替代方法:

尝试使用“ nrniv -python yourfile.py”命令启动NEURON

此方法成功导入了神经元模块。缺点是它先启动NEURON,然后运行脚本。无法延迟NEURON的加载。

使用Ubuntu VM,但通过VM网络共享使用Visual Studio编辑文件

这样,您将使用NEURON的调试版本最高,但仍具有使用Visual Studio / Windows的优势。

要进行调试,您需要设置python远程调试(例如:https://donjayamanne.github.io/pythonVSCodeDocs/docs/debugging_remote-debugging/)。

如果您将使用此路线,我将提供有关如何在Ubuntu下编译NEURON并确保它可以从Python导入神经元的教程:

https://neurojustas.wordpress.com/2018/03/27/tutorial-installing-neuron-simulator-with-python-on-ubuntu-linux/

要使网络共享正常工作,我还有另外一个教程:

https://neurojustas.com/2018/03/27/tutorial-share-ubuntu-folder-with-windows/

个人经历

与您类似,我最初尝试在Windows下运行NEURON和其他comp-neuro工具,但是多年来,您了解到comp-neuro社区通常对Windows的支持很差。他们的软件倾向于首先在Ubuntu或MacOS下开发,偶尔在Win下进行测试/支持。我什至在Win下制作了一些软件,但很快就被其他工具的问题所淹没。尽管我不得不经历学习Linux的麻烦,但是comp-neuro软件的质量和对Linux的支持都更好。我在Windows上运行Ubuntu VM,以充分利用这两个方面。