Question

我有一个python脚本，通常是这样从BASH shell执行的：

pychimera $(which dockprep.py) -rec receptor1.pdb -lig ligand1.mol -cmethod gas -neut

如您所见，某些参数需要输入（例如-rec），而其他则不需要输入（例如-neut）。我必须用不同的输入执行该脚本154次。如何使用GNU并行脚本并行运行8个线程？

pychimera $(which dockprep.py) -rec receptor1.pdb -lig ligand1.mol -cmethod gas -neut
pychimera $(which dockprep.py) -rec receptor2.pdb -lig ligand2.mol -cmethod gas -neut
pychimera $(which dockprep.py) -rec receptor3.pdb -lig ligand3.mol -cmethod gas -neut
...

Answer 1

我想你想要这个：

parallel 'pychimera $(which dockprep.py) -rec receptor{}.pdb -lig ligand{}.mol -cmethod gas -neut' ::: {1..154}

如果您有8个以上的CPU内核，并且一次要8个进程，请使用：

parallel -j8 ...

如果要查看无需实际运行即可运行的命令，请使用：

parallel --dry-run ...

Answer 2

示例commands.txt生成器脚本：

#!/usr/bin/env bash

if [ "$#" -ne 1 ]; then
    echo "missing parameter: n"
    exit 1
fi

rm commands.txt 2> /dev/null 
dockp=$(which dockprep.py)

for((i=1;i<=$1;i++)); do
  echo "pychimera $dockp -rec receptor$i.pdb -lig ligand$i.mol -cmethod gas -neut" >> commands.txt
done

如果将上述bash脚本另存为cmdgen.sh，则可以将其运行为：

bash cmdgen.sh 100

如果您需要n为100。

要并行运行命令：

$ module load parallel
$ parallel < commands.txt

如何使用GNU parallel在BASH上使用多个参数的python脚本上运行？

2 个答案: