如何正确初始化PDB.DSSP对象

时间:2019-04-05 19:48:48

标签: python ubuntu biopython

我正在尝试获取PDB文件的DSSP,但是python抛出了找不到文件。

我从window的Ubuntu下载了dssp。 在ubuntu终端中调用哪个dssp会给出'/ usr / bin / dssp' 用pdb文件调用dssp会给出正确的输出。 我的想法可能是路径错误。


 p = PDB.PDBParser()      
 structure = p.get_structure(PDB_file[:-4].upper(), dir + "/" + PDB_file)
 model = structure[0]
 dssp=DSSP(model,PDB_file)

前三行工作正常。我试图将dir(目录)添加到构造函数中无济于事

0 个答案:

没有答案