我正在尝试获取PDB文件的DSSP,但是python抛出了找不到文件。
我从window的Ubuntu下载了dssp。 在ubuntu终端中调用哪个dssp会给出'/ usr / bin / dssp' 用pdb文件调用dssp会给出正确的输出。 我的想法可能是路径错误。
p = PDB.PDBParser()
structure = p.get_structure(PDB_file[:-4].upper(), dir + "/" + PDB_file)
model = structure[0]
dssp=DSSP(model,PDB_file)
前三行工作正常。我试图将dir(目录)添加到构造函数中无济于事