Question

我正在尝试将多个NetCDF4文件转换为GeoTIFF栅格，同时将数据从每日频率降采样为每月频率（忽略NaN）。不幸的是，当我想将数据写入geotiffs的步骤时出现错误。

使用xarray轻松打开和下采样文件（如果与R相比，这是很棒的功能，这是我经常使用的功能），只需保留一个变量即可，并且可以根据每日值计算每月平均值，但是我得到了卡住了尝试将我的结果导出/转换为多个* .tif文件的过程。

甚至尝试将其转换为多个NetCDF3文件，因为我可以轻松地将其转换为geotiff，但也失败了。

输入的数据是4018天的ESA土壤湿度“ .nc4”文件，它每天覆盖整个地球，但每一步都不完整（每天只有一小段充满数据，其余为空/ NA），所以我想忽略NaN来计算月均收入。

总共，这4018天达到132个月（11年），而我的xarray数据集由下面的代码生成，似乎证明了这一点，正如预期的那样。

import xarray as xr

# opening the files into an array

mfdataDIR = 'C:/full_path_here/*.nc'

DS = xr.open_mfdataset(mfdataDIR)


# downsampling it from daily to monthly means while keeping attributes and ignoring NAs 

monthly_data = DS.sm.resample(time="1M").mean(skipna= True, keep_attrs=True)

我在这里收到以下警告：“默认缩小尺寸将在xarray 0.12之后更改为分组尺寸。要使该警告静音，请传递dim = xarray.ALL_DIMS。显式传递。skipna= skipna，allow_lazy = True，** kwargs） ” 不确定是否重要，但是当我打印monthly_data xarray时结果似乎还可以。

# Now, trying to convert to GeoTIFFs using Robin Wilson's rasterio_to_xarray (and vice-versa) script (full script can be found on link below).

import sys

sys.path.insert(0, 'C:/path_to_py_script/')

import xarray_to_rasterio as xarrast

xarrast.xarray_to_rasterio_by_band(monthly_data, 'C:/path_here/%s.tif', dim= 'time')

现在，我收到此错误：“ IndexError：元组索引超出范围” 我认为错误在于我如何使用它，而不是在脚本上，尽管我看不到哪里。

罗宾·威尔逊（Robin Wilson）编写的脚本非常适合我的目标，该脚本是在这里获得的：https://github.com/robintw/XArrayAndRasterio/blob/master/rasterio_to_xarray.py

我看到错误追溯到第84行：

82  if len(xa.shape) == 2:
83        count = 1
84        height = xa.shape[0]
85        width = xa.shape[1]
86        band_indicies = 1
87   else:

和第122行：

122  xarray_to_rasterio(data, filename)

所以，我的时间似乎很暗淡，我希望这可以算作乐队，不是脚本期望的，所以它失败了。而且，显然我还在弄乱“ filename”参数。

不知道如何...我可以使用此脚本或对其进行修改以执行我想要的操作吗？（以保存132个“ .tif”文件，对应于132个暗淡的时间）


# Second option, not ideal but could still help me, if it hadn't also failed:


mDS = monthly_data.to_dataset()

paths = ['C:/path_here/%s.nc' ]
xr.save_mfdataset(mDS, paths, format='NETCDF3_CLASSIC')

got this error: "TypeError: save_mfdataset only supports writing Dataset objects, received type <class 'str'>"

我认为我缺乏python知识正在妨碍我，因为我在这两个过程中都不断出错（xarray到GeoTIFF或xarrayDataset到NetCDF3经典版）。

当我检查monthly_data时，我看到了我的期望：只有“ sm”变量，所有三个维度和132个时间“值”。

有人可以帮忙吗？

如何将xarray MFdataset转换为多个geotiff？尝试两种方法但到目前为止都失败了

0 个答案: