如何在numcodecs中编码NaN值？使用astype ='u2'进行量化？

Question

我有一个包含NaN的大型xarray DataArray，并想用zarr保存它。我想最小化文件大小，并且可以减少几位精度就可以了-16位应该可以。 我尝试使用FixedScaleOffset(astype='u2')过滤器，但这会将所有NaN存储为零。由于数据还包含零作为有效值，因此并不是很有用。

Answer 1

NumPy的u2（又称uint16）不支持NaN值（请SO answer）。 Zarr仅反映了NumPy的行为。

Answer 2

它不适用于numcodecs.Quantize，但是xarray encoding参数可以指定_FillValue：

dataset.to_zarr(store, encoding={'<array-name>': {'dtype': 'uint16', '_FillValue': 65535}})

请参见https://xarray.pydata.org/en/stable/io.html#writing-encoded-data