Question

当前，我正在处理显示一系列活动的数据，我希望从这些序列中提取遵循特定模式的行。

一些示例序列：

set.seed(12345)
m <- matrix(sample(1:10, 800, replace=T), ncol=8)
m[sample(1:100, 20, replace=T), 8] <- NA #sequences have variable lengths
head(m)

     [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7] [,8]
[1,]    4    2    3    1    1    2    4    4
[2,]    5    4    5    3    3    4    1    2
[3,]    4    5    1    4    2    5    3    3
[4,]    5    4    3    4    2    5    4   NA
[5,]    3    3    4    3    3    4    2    1
[6,]    1    5    4    4    1    5    5    4

一种解决方案是使用两个for循环来检查每一行的可能模式，但是我已经体验到，当矩阵变大时，计算时间会快速增长。我已经尝试过以下示例代码，其大小为3，活动1之后是活动2和活动3：

pattern <- list(1,2,3)
g <- list()

for (i in 1:NROW(m)){
  if (any(m[i,]==pattern[1], na.rm = TRUE) & any(m[i,]==pattern[2], na.rm = TRUE) & any(m[i,]==pattern[3], na.rm = TRUE)){
    for(ii in 1:(NCOL(m)-2)){
     if((m[i,ii]==pattern[1]) & (m[i,ii+1]==pattern[2]) & (m[i,ii+2]==pattern[3])){
       g <- append(g,i)
     } 
    }
  }
}

此循环似乎有效，因为它提供了一个列表，其中包含与模式（行28、32和99）匹配的行的索引。但是，此方法不能扩展用于较长/较短的模式。另外，在此示例中，检查了模式“ 1-> 2-> 3”，但我也希望可以检查“ 1->（2、4或5）-> 3”等模式。

我希望编写一个类似于this question中接受的答案的函数，其中输入需要矩阵和显示为列表的模式。但是我的R知识有限，我可以寻求帮助。

Answer 1

我们可以从创建一个向量开始，该向量将矩阵的每一行折叠为单个字符串（在这种情况下，由空格分隔）。然后我们可以很容易地grep。

mm<-apply(m,1,paste,collapse=" ")
grep("1 2 3", mm)
integer(0)
grep("1 [245] 3", mm)
[1] 14 83

第一行grep行提供了简单的搜索（结果为零）。 grep的第二行显示了如何搜索更复杂的模式-这将搜索第二个示例，即1-> 2、4或5-> 3。

请注意，grep将为您提供与您的模式匹配的行的索引。另外，grepl将为您提供与m相同长度的逻辑向量，其中TRUE表示匹配。

是否有R函数来查找包含特定模式的行索引？

1 个答案: