如何使用R从数据库读取行?

时间:2019-04-01 18:26:58

标签: mysql r

我有一个数据库,其中有一个包含两个DNA序列的16M行的表,并且我正在用R编写代码,我想读取每一行并查找不匹配项,然后将结果存储在数据库的第二个表中。 我的问题是如何从数据库中读取行?

这是我的代码的一部分

FindMutations <- function(dataset){
data<-as.data.frame(fread(dataset))
dbWriteTable(storiesDb, value = data, row.names = FALSE,
           name = "dna_sequence", append = TRUE ) 
#for (i in 1:nrow(data)){
# germline <- select the germline value from ith row 
# sequence <- select the sequence value from ith row 

#for (j in 1:length(germline)){
# if (germline[i][j] != sequece[i][j]){
#save germline[i][j] to "from"
#save sequence[i][j] to "to"
#save j to position
#else save NULL
#   }
}
# }
#}

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