在fviz_cluster

Question

我正在使用fviz_cluster来绘制通过kmeans函数获得的kmeans结果。

下面，我要报告“ factoextra”软件包指南中的示例。

data("iris")
iris.scaled <- scale(iris[, -5])
km.res <- kmeans(iris.scaled, 3, nstart = 25)
fviz_cluster(km.res, data = iris[, -5], repel=TRUE,
             ellipse.type = "convex")

键入此命令，您可能会观察到三个群集，每个群集具有不同的颜色。但是，对于每种颜色，我都希望固定相同的颜色，但椭圆的线型会有所不同。你知道怎么做吗？

Answer 1

一种解决方案是使用从fviz_cluster()获得的数据，通过使用ggplot来构建自定义绘图。

基本上，您只需要访问每个新点的x，y坐标以及有关聚类的信息，即可重新创建图。

首先保存fviz_cluster()中用于绘图的数据，然后可以使用chull()查找每个簇的凸包，然后进行绘图。

library(ggplot2)
library(factoextra)

# your example:
iris.scaled <- scale(iris[, -5])
km.res <- kmeans(iris.scaled, 3, nstart = 25)
p <- fviz_cluster(km.res, data = iris[, -5], repel=TRUE,
             ellipse.type = "convex") # save to access $data

# save '$data'
data <- p$data # this is all you need

# calculate the convex hull using chull(), for each cluster
hull_data <-  data %>%
  group_by(cluster) %>%
  slice(chull(x, y))

# plot: you can now customize this by using ggplot sintax
ggplot(data, aes(x, y)) + geom_point() +
  geom_polygon(data = hull_data, alpha = 0.5, aes(fill=cluster, linetype=cluster))

当然，现在您可以更改轴标签，添加标题，并根据需要在每个点添加标签。

以下示例可能更符合您的需求：

ggplot(data, aes(x, y)) + geom_point() +
  geom_polygon(data = hull_data, alpha=0.2, lwd=1, aes(color=cluster, linetype=cluster))

linetype更改每个群集的行，您需要使用lwd使其更粗，也最好删除fill参数，而使用color。