Question

在执行循环之前调用saveRDS会导致循环时序不一致。这仅在使用RStudio时明显。使用Rscript从命令行运行相同脚本时，该问题不存在。这可能是RStudio中I / O刷新延迟的结果。

其他人注意到了这种行为吗？
是否有一种方法可以在saveRDS调用后强制进行I / O刷新？

在64位Ubuntu 18.04LTS上使用RStudio 1.1.463，R 3.5.2。

我通过在代码执行之前调用gc（）并使用gcinfo启用gc消息来确保未触发gc，从而消除了垃圾收集器的问题。我还尝试使用cmpfun预编译该函数；这也无济于事。

以下代码可用于重现该问题。

loop.test <- function() {
  t <- c()
  t0 <- Sys.time()
  for (i in 1:10) {
    t <- c(t, Sys.time() - t0)
    Sys.sleep(0.01)
  }

  dt <- round(1000 * diff(t), 1)
  print(dt)
  print(summary(dt))
}

saveRDS(1:10, 'garb.rds')

loop.test()

代码将产生以下输出（以毫秒为单位的循环时间）：

[1]  10.1  10.1  10.2  10.2 275.4  10.2  10.1  10.2  10.2

   Min. 1st Qu.  Median    Mean 3rd Qu.    Max. 
  10.10   10.10   10.20   39.63   10.20  275.40

请注意，较大的延迟不会总是出现在同一迭代中。

在代码中删除saveRDS调用将始终产生一致的（接近10ms）循环定时。

无论是否有saveRDS行，都可以通过Rscript从命令行运行代码。

Answer 1

这是RStudio的回应：

一种可能性：RStudio在R“空闲”期间（即：当R调用R_ProcessEvents时）进行一些后台工作，我认为项目文件索引就是其中之一。 RStudio为这些任务注册了文件监视器，因此创建文件可能会使RStudio在后台进行一些重新索引工作。

我验证了将saveRDS（）调用中的保存目录更改为项目目录之外的内容可以避免计时问题。因此，我认为这支持文件索引理论。 RStudio v1.2预览在较小程度上显示了此行为，因此空闲处理实现中可能有所更改，但是我对此没有进一步的信息。 RStudio伙计们打开了一个错误报告来解决此问题，因此希望该修复程序将很快发布。

因此，目前，一些解决方法是：

在调用saveRDS（）之后，以足够的延迟调用Sys.sleep（），以允许进行重新索引操作。
将saveRDS（）指向当前项目目录之外的文件，以防止重新编制索引。

与在RStudio中使用saveRDS有关的时序问题

1 个答案: