Question

我正在尝试编写一个带有选项的Rscript，但是文件中只有一个强制性参数（并且我不想为此标记）。
该文件将被其他包读取，并且应该在真实文件中（没有stdin），但是如果它来自stdin（例如来自管道）或其他文件，我也想读取该文件真实路径的文件名。
例如：

$ Rscript myscript.r -a 1 -b 2 file.txt

或

$ Rscript myscript.r -a 1 -b 2

或

$ cat file.txt | Rscript myscript.r -a 1 -b 2

所以我正在尝试这种方式（如下）：

#!/usr/bin/env Rscript --vanilla

library("optparse")

option_list = list(
        make_option(c("-f", "--format"), 
                    type="character", 
                    default="fasta",
                    help="output file name [default= %default]", 
                    metavar="character")
);

opt_parser = OptionParser(usage = "%prog [options] file", option_list=option_list);
opt = parse_args(opt_parser,  positional_arguments = TRUE);

if (is.null(opt$args)) { 
  data_file <- tempfile()
  on.exit(unlink(data_file))
  writeLines(readLines(file("stdin")), con = data_file)
  print(temp)
} else {
  data_file <- opt$args
}

但是stdin之后的parse_args被遗漏了。

预先感谢

通过optparse库读取文件

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